关于逾期两年后法院是否会判违约金的问题，结论并非绝对，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、合同约定与法律规定
合同约定优先：
- 若合同中明确约定了逾期付款的违约金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么在逾期两年后，法院通常会根据合同约定来判定是否应支付违约金。
- 违约金的具体数额或计算方式也会依据合同中的约定来确定。
法律规定补充：
- 如果合同中没有约定违约金，但根据相关法律规定（如《民法典》中关于合同违约的规定），违约方应当承担违约责任，那么法院可能会根据实际情况，如违约造成的损失大小，来判定是否应支付违约金及违约金的数额。
二、诉讼时效问题
诉讼时效期间：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果逾期付款的违约行为发生在两年前，但权利人在三年内提起了诉讼，那么法院仍然会受理并审理该案件。
- 如果逾期付款的违约行为已经超过了三年的诉讼时效期间，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么权利人可能会丧失胜诉权，即法院可能不会支持其要求支付违约金的诉讼请求。
诉讼时效中断与中止：
- 如果在诉讼时效期间内，发生了诉讼时效中断或中止的法定情形（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），那么诉讼时效期间会重新计算或暂停计算，这可能会影响法院对违约金请求的判定。
三、实际履行情况与公平原则
实际履行情况：
- 法院在判定是否应支付违约金时，还会考虑违约方的实际履行情况。如果违约方已经部分履行了合同义务，或者采取了补救措施来减少损失，那么法院可能会根据实际情况来调整违约金的数额。
公平原则：
- 法院在审理案件时，会遵循公平原则。如果要求支付违约金会导致双方利益严重失衡，或者违约金数额过高、过低，不符合公平原则，那么法院可能会根据实际情况来调整违约金的数额。
四、建议与注意事项
- 及时主张权利：如果认为对方存在逾期付款的违约行为，应及时向对方提出履行请求或向法院提起诉讼，以避免超过诉讼时效期间。
- 保留证据：在主张权利时，应保留好相关证据，如合同、付款凭证、催款通知等，以证明自己的主张。
- 咨询专业律师：由于每个案件的具体情况都不同，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。
如果有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。