子公司不是小微企业时，总公司仍然可以是小微企业。这一结论主要基于企业所得税的法人税制原则以及小微企业的认定标准。以下从几个方面进行详细分析：
一、企业所得税的法人税制原则
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款的规定，“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。这意味着，对于不具有法人资格的分支机构（如分公司），其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款。然而，这一原则主要适用于分支机构与总公司之间的税务处理，并不直接涉及子公司与总公司之间的关系。
子公司作为具有独立法人资格的实体，其税务处理是独立的，不与总公司汇总计算。因此，子公司的经营状况、盈利情况等不会直接影响总公司的税务处理和税收优惠政策的适用。
二、小微企业的认定标准
小微企业的认定通常基于企业的从业人员数量、营业收入、资产总额等指标。这些指标是针对单个企业而言的，不涉及其关联企业（如子公司）的情况。因此，只要总公司本身符合小微企业的认定标准，就可以享受相应的税收优惠政策，无论其子公司是否符合小微企业的标准。
三、实际操作中的注意事项
独立核算：虽然子公司不是小微企业不会影响总公司作为小微企业的认定，但子公司在税务上应独立核算，确保其财务数据的准确性和完整性。这有助于避免因子公司财务问题而引发的税务风险。
合规经营：总公司作为小微企业享受税收优惠政策时，应确保其经营活动的合规性。任何违法违规行为都可能导致税收优惠政策的取消或税务处罚。
及时沟通：如果总公司在享受税收优惠政策过程中遇到任何问题或疑虑，应及时与税务机关沟通并寻求指导。这有助于确保总公司的税务处理符合法律法规的要求。
四、法律建议
详细了解政策：在享受小微企业税收优惠政策前，总公司应详细了解相关政策的具体内容和适用条件，确保自身符合政策要求。
完善内部管理：总公司应完善内部管理机制，确保财务数据的准确性和完整性，为享受税收优惠政策提供有力支持。
关注政策变化：由于税收政策可能会随着时间和经济形势的变化而调整，总公司应密切关注政策变化，及时调整自身的税务处理策略。
综上所述，子公司不是小微企业时，总公司仍然可以是小微企业。这一结论基于企业所得税的法人税制原则以及小微企业的认定标准。在实际操作中，总公司应注意独立核算、合规经营以及及时与税务机关沟通等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。