工程质量保证金的计算基数通常不包括索赔金额。以下是对此问题的详细分析：
一、工程质量保证金的定义与目的
工程质量保证金，也称为保留金，是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。其目的在于确保工程质量，在工程出现质量问题时，发包人有足够的资金进行维修。
二、工程质量保证金的计算基数
一般规定：
- 根据相关规定及实践，工程质量保证金的计算基数通常是工程合同价款或工程结算价款的一部分，具体比例由合同双方约定，但一般不超过工程价款结算总额的3%（也有说法为不超过5%，具体以合同约定为准）。
- 计算基数一般不包括预付款的支付、回扣以及价格调整的金额，同样也不包括索赔金额。索赔金额是基于合同变更、设计补充、工程延期等特定事件而产生的额外费用，与工程质量保证金的预留目的不符。
扣留方式：
- 质量保证金的扣留方式有多种，包括在支付工程进度款时逐次扣留、工程竣工结算时一次性扣留以及双方约定的其他扣留方式。无论采用哪种方式，索赔金额通常都不作为计算基数。
三、索赔金额的处理
索赔金额是工程合同中因各种原因（如设计变更、工程量增加、工期延误等）而产生的额外费用。这部分费用通常会在工程结算时单独计算，并按照合同约定的方式进行支付。由于索赔金额与工程质量保证金的预留目的不同，因此不会将其纳入计算基数。
四、法律建议
合同审查：
- 在签订建设工程合同时，应仔细审查合同中关于工程质量保证金和索赔金额的条款，确保条款内容明确、合法、有效。
争议解决：
- 如果在工程实施过程中出现关于工程质量保证金或索赔金额的争议，应及时与对方协商解决。协商不成的，可以依据合同约定或相关法律法规通过仲裁或诉讼等方式解决。
专业咨询：
- 由于建设工程合同涉及的法律问题复杂多样，建议在签订合同或处理争议时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。
如有其他关于建设工程合同或工程质量保证金的问题，欢迎直接向我咨询。