在行政案件中，伤残鉴定费用的承担主体主要取决于鉴定申请的发起方及鉴定结果对行政行为的影响，具体分为以下几种情况：

1. 行政机构自主发起的鉴定
   若行政机构为查明案件事实而主动发起伤残鉴定，费用应由行政机构承担。例如，行政机关在调查过程中认为需要专业鉴定以明确事实，此时鉴定费用属于行政调查的合理支出，由行政机关自行负担。

2. 申请人自主申请且鉴定结果有利于行政决定
   若伤残鉴定由申请人（行政相对人）主动提出，且鉴定结果支持行政机关即将作出的行政决定（如认定符合行政处罚条件），则费用由申请人自行承担。例如，申请人主张自身伤残程度符合某项行政许可条件，但鉴定结果证实其主张不成立，此时费用由申请人承担。

3. 鉴定结果不利于行政机关即将作出的行政行为
   若申请人自主申请鉴定，但鉴定结果推翻或否定行政机关拟作出的行政行为（如证明行政处罚依据不足），则费用应由行政机关承担。例如，行政机关拟对申请人作出高额罚款，但鉴定结果显示申请人伤残程度未达处罚标准，此时费用由行政机关负担。

4. 双方共同申请或协商不成的情况
   若伤残鉴定由双方共同申请，费用承担需协商确定；协商不成的，由法院根据案件具体情况判决。例如，在医疗纠纷中，医患双方对伤残程度存在争议，共同委托鉴定后无法就费用达成一致，此时法院将综合鉴定结果对双方责任的影响程度分配费用。

5. 自行委托鉴定的情况
   若申请人未经行政机关同意，自行委托鉴定并提交结果作为证据，费用通常由申请人自行承担。例如，申请人单方面委托鉴定机构出具伤残报告，但行政机关未采纳该报告作为定案依据，此时费用由申请人负担。

需特别注意的特殊情形：

• 工伤案件：根据《工伤保险条例》，工伤伤残鉴定费用由用人单位承担。若用人单位未依法参保，费用由用人单位垫付。
• 交通事故案件：伤残鉴定费用通常由侵权人承担，作为赔偿范围的一部分。
• 法律援助案件：若申请人符合法律援助条件，鉴定费用可能由法律援助机构承担。

地域差异与个案处理：
实践中，不同地区可能对伤残鉴定费用的承担存在细化规定，例如部分地区规定行政机关败诉时需承担鉴定费用，或对特定类型案件（如环境行政案件）设置特殊规则。因此，具体案件中需结合当地司法实践及个案事实综合判断。

建议：
若您涉及行政案件中的伤残鉴定费用争议，建议收集鉴定申请材料、鉴定报告及行政行为文书等证据，并咨询专业律师分析费用承担的合理性。如有进一步疑问，可直接向我提问。