在小孩亲子鉴定中，如果样本混入了父亲的样本，鉴定机构通常是有可能发现的。这主要基于以下几个方面的考虑：
样本标识与核对：
- 在进行亲子鉴定时，鉴定机构会要求提供样本的个体进行明确的标识，如姓名、年龄、性别等，以确保样本的准确性和可追溯性。
- 在接收样本时，鉴定机构会进行严格的核对，包括样本的数量、标识是否清晰等。如果发现样本数量或标识与申请不符，鉴定机构会要求重新提供样本或进行进一步的确认。
样本处理与检测：
- 亲子鉴定通常通过DNA分析来进行，这要求样本中的DNA必须保持完整且未受污染。
- 在样本处理过程中，鉴定机构会采用专业的技术和设备来提取和纯化DNA，同时会进行质量控制，以确保提取的DNA质量符合检测要求。
- 如果样本中混入了其他个体的DNA（如父亲的样本），在DNA分析过程中，这种混入很可能会导致检测结果的异常或无法得出明确的结论。鉴定机构在检测过程中如果发现异常，会进行进一步的调查和确认。
专业判断与经验：
- 鉴定机构的工作人员通常具备丰富的专业知识和经验，他们能够通过观察样本的外观、检测过程中的异常情况等，来判断样本是否可能受到了污染或混入了其他个体的样本。
- 如果鉴定机构怀疑样本可能受到了污染或混入了其他个体的样本，他们会要求重新提供样本或进行进一步的检测，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
法律建议与后果：
- 如果您在进行亲子鉴定时担心样本可能受到污染或混入其他个体的样本，建议您在提供样本前仔细核对样本的标识和数量，并确保样本的采集和保存过程符合鉴定机构的要求。
- 如果鉴定机构发现样本受到了污染或混入了其他个体的样本，他们可能会拒绝出具鉴定报告或要求重新提供样本进行检测。这可能会导致鉴定过程的延误和额外的费用支出。
- 在涉及法律纠纷（如抚养权、继承权等）时，亲子鉴定的结果往往具有关键性的作用。因此，确保鉴定结果的准确性和可靠性至关重要。
特殊情况说明：
- 虽然鉴定机构通常能够发现样本混入的情况，但也不能完全排除因技术限制或人为疏忽而未能发现的可能性。因此，在选择鉴定机构时，建议您选择具有良好信誉和专业资质的机构进行鉴定。
如果您在亲子鉴定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。