关于房款申请结清后银行是否会扣违约金的问题，这主要取决于贷款合同中的具体约定以及结清房款的具体情形。以下是我从不同角度为您进行的分析：

1. 贷款合同中的约定

• 提前结清条款：首先，您需要仔细查阅与银行签订的贷款合同，特别是关于提前结清房款的条款。如果合同中明确规定了提前结清需要支付违约金，那么在您申请结清时，银行有权按照合同约定扣除相应的违约金。
• 无违约金条款：如果贷款合同中没有明确规定提前结清需要支付违约金，或者明确规定了提前结清无需支付违约金，那么银行在您申请结清时就不应扣除违约金。

2. 结清房款的具体情形

• 正常结清：如果您是按照贷款合同约定的期限和方式正常结清房款，且没有违反合同中的任何条款，那么银行通常不会扣除违约金。
• 提前结清：如果您选择提前结清房款，且贷款合同中有关于提前结清需要支付违约金的约定，那么银行在您申请结清时可能会扣除违约金。但这也取决于银行的具体政策和合同条款的约定。有些银行可能对于提前结清有一定的优惠政策，如减免部分或全部违约金。

3. 法律建议

• 查阅合同：我建议您首先查阅与银行签订的贷款合同，特别是关于提前结清房款的条款，以了解您是否需要支付违约金。
• 与银行沟通：如果您对合同条款有疑问或需要进一步了解银行的政策，我建议您直接与银行进行沟通。银行的工作人员可以为您提供更详细的信息和解答。
• 法律途径：如果您认为银行在扣除违约金方面存在不当行为，或者您与银行在违约金问题上存在争议，您可以考虑通过法律途径解决。在此情况下，我建议您咨询专业的法律人士，以获取更具体的法律建议和帮助。

总结来说，房款申请结清后银行是否会扣违约金，主要取决于贷款合同中的具体约定以及结清房款的具体情形。我建议您首先查阅合同并了解相关条款，如有需要可以与银行进行沟通或咨询专业的法律人士。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。