结论：居间合同中约定居间费用的税费全部由甲方承担，包括一方个人所得税，从法律形式上来说并不违法，但需注意税务合规性及合同条款的具体设计。以下从不同角度进行分析：
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以就合同的内容进行自由约定，包括费用的承担方式。因此，居间合同中约定由甲方承担全部税费，包括个人所得税，并不违反法律的强制性规定，属于合同自由的范畴。
税务合规性：虽然合同可以如此约定，但实际操作中必须确保税务的合规性。个人所得税是由取得收入的个人缴纳的，如果合同中约定由甲方承担，实际上相当于甲方为居间方代付了税款。这种情况下，居间方在收到款项时，应确保已按照税法规定申报并缴纳了个人所得税，或者由甲方在代付时按照税法规定进行代扣代缴。否则，可能面临税务机关的处罚。
合同条款的具体设计：为了避免潜在的税务风险和法律纠纷，合同条款应设计得尽可能明确和具体。例如，可以明确约定税费的计算方式、支付时间、支付方式等，以及如果因税务问题导致的一方损失，应由哪方承担等。
实际操作中的注意事项：在实际操作中，除了合同条款的设计外，还需要注意与税务机关的沟通和协调，确保税费的申报和缴纳符合税法规定。同时，双方应保留好相关的凭证和记录，以备税务机关的查验。
建议：在签订居间合同时，如果双方约定由甲方承担全部税费，包括个人所得税，应确保合同条款的明确性和具体性，并注意税务的合规性。如果有任何疑问或不确定的地方，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。