核心结论：您描述的“逆向行驶罚款200扣3分但处理后未扣分”的情况，可能存在以下两种原因，需结合具体处理流程和系统记录进一步核查。

1. 系统录入或处理环节的误差
   交通违法处罚的流程通常包括：交警现场执法或电子监控抓拍→违法信息录入系统→车主/驾驶人接受处理（缴纳罚款、接受扣分）→系统更新违法状态。若在“系统录入”或“处理后数据同步”环节出现技术故障（如系统延迟、数据传输错误），可能导致扣分记录未及时更新至驾驶证档案。
   建议：登录“交管12123”APP或前往车管所窗口，查询驾驶证的“违法记录”和“记分情况”，确认扣分是否已实际扣除。若未扣除，需联系处理违法的交警部门核实系统状态。

2. 处罚决定书与实际执行存在差异
   根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》，交警部门作出的处罚决定书应明确载明“罚款金额”和“记分分值”。若处罚决定书明确记载“扣3分”，但实际执行时未扣除，可能存在以下两种特殊情形：

   • 处罚决定被撤销或变更：若您在处理后对处罚有异议（如认为抓拍证据不足、处罚依据错误），通过行政复议或诉讼程序撤销了原处罚，交警部门可能同步撤销了扣分记录。
     
   • “首违警告”或“学法减分”政策适用：部分地区对轻微交通违法（如首次逆向行驶）实行“首违不罚”或“学法减分”政策，即罚款仍需缴纳，但扣分可免除或通过学习抵消。若您符合此类政策条件，可能实际未扣分。
     建议：核查是否收到过关于该违法的“撤销决定书”或“学法减分”完成通知，或直接联系处理违法的交警部门确认处罚执行情况。

风险提示：若扣分未实际扣除，但系统显示“已处理”，可能影响驾驶证记分周期的清零（如当前记分周期内已记9分，逆向行驶扣3分未扣除，可能导致下一周期记分异常）。建议尽快核实并处理，避免后续管理风险。

行动建议：

1. 立即通过“交管12123”APP查询驾驶证记分和违法处理状态；
   
2. 若发现扣分未扣除，携带处罚决定书、身份证、驾驶证前往处理违法的交警部门现场核查；
   
3. 若对处罚有异议，可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
   

如有其他疑问，可进一步向我说明具体情况（如处理地点、是否收到相关通知等），我将为您深入分析。