违纪收取两万九千元，根据违纪主体和情节严重性不同，处理方式存在差异，具体如下：

1. 若违纪主体为国家公职人员：

   • 行政处分：根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》，公职人员利用职务之便违规收取财物，可能面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政务处分。具体处分类型取决于违纪情节的严重性，如是否为初犯、是否有主动退还财物、是否造成恶劣影响等。
   • 刑事责任：若收取财物行为构成受贿罪（如利用职务便利为他人谋取利益并收受财物），且数额达到刑事立案标准（一般三万元以上，但特定情形下一万元以上即可立案），则可能面临刑事追责。两万九千元虽未达一般受贿罪立案标准，但若存在特定情节（如多次受贿、使国家利益遭受重大损失等），仍可能被追究刑事责任。
   • 退还与赔偿：无论是否受到处分或刑事追责，违纪人员均需退还违规收取的财物。若造成国家或他人损失，还需承担赔偿责任。

2. 若违纪主体为企业员工：

   • 内部处分：企业可根据内部规章制度（如员工手册、廉洁从业规定等）对违纪员工进行处分，包括警告、罚款、降职、解雇等。处分力度取决于违纪情节的严重性及企业规定。
   • 民事责任：若收取财物行为损害企业利益（如通过违规收取财物为他人谋取不正当利益，导致企业损失），企业可要求违纪员工承担赔偿责任。
   • 刑事责任：若收取财物行为构成非国家工作人员受贿罪（如利用职务便利为他人谋取利益并收受财物，数额较大），则可能面临刑事追责。两万九千元是否达到刑事立案标准，需根据具体地区和司法实践判断（一般六万元以上为“数额较大”，但部分地区可能更低）。

3. 若违纪主体为其他组织或个人：

   • 根据组织规定处理：如为社团、协会等组织成员，组织可根据内部规定进行处分。
   • 民事或行政责任：若收取财物行为违反民事法律（如合同违约、不当得利）或行政法规（如违反市场监管规定），则可能面临民事赔偿或行政处罚。

建议：无论违纪主体是谁，均应立即停止违纪行为，退还违规收取的财物，并主动向相关部门或单位说明情况，以减轻可能的法律后果。若已面临调查或指控，建议及时咨询并配合处理。