质量保证金从履约保证金中扣留，这一做法在法律上通常是不被允许的。下面我将从法律定义、法律规定以及实际操作中的注意事项等角度，为您详细解释这一问题。

法律定义

1. 履约保证金：是合同一方（通常是承包商或供应商）为确保合同履行而向另一方（通常是发包方或采购方）缴纳的一笔资金。它作为一种担保方式，旨在保证承包商或供应商能够按照合同约定履行其义务。

2. 质量保证金：则是从工程款或货款中扣留的一部分资金，用于保证工程或产品的质量。在工程竣工或产品交付后的一定期限内，如果工程或产品出现质量问题，发包方或采购方可以使用这部分资金进行维修或更换。

法律规定

根据《建设工程质量保证金管理办法》第六条的规定：“在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。”这一规定明确指出了履约保证金和质量保证金不能同时预留的法律原则。

• 履约保证金与质量保证金的区别：履约保证金是一种担保方式，用于保证合同的全面履行；而质量保证金则是工程款或货款的一部分，用于保证工程或产品的质量。两者在性质、目的和用途上均有所不同。

• 法律后果：如果发包方在工程项目竣工前已经收取了履约保证金，又同时预留了质量保证金，这可能构成对承包商或供应商的不当得利，甚至可能引发法律纠纷。承包商或供应商有权要求发包方退还多收的保证金，并可能要求发包方承担因此产生的损失。

实际操作中的注意事项

1. 合同条款的明确性：在签订合同时，双方应明确约定履约保证金和质量保证金的缴纳、退还以及使用方式等条款，以避免后续产生争议。

2. 保证金的合理比例：根据相关规定，履约保证金的金额不得超过中标合同金额的10%，而质量保证金的预留比例也不得高于工程价款结算总额的3%。双方在约定保证金比例时，应遵守这些规定。

3. 保证金的退还与使用：在合同履行完毕后，发包方应及时退还履约保证金；同时，在质量保证期内，如果工程或产品出现质量问题，发包方应按照合同约定使用质量保证金进行维修或更换。

建议：在实际操作中，双方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保保证金的缴纳、退还和使用都符合法律规定。如果遇到任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。如果您在建设工程合同纠纷方面有任何法律问题，都可以直接向我咨询。