核心结论：过收费站后分叉路口停车倒车，一般会被处以警告或者二十元以上二百元以下罚款，同时可能记分。以下是具体分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
- 同时，依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车在高速公路上倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头的，一次记12分；若该分叉路口虽非严格意义上的高速公路主线，但属于高速公路收费站出口后的引导路段，且行为具有较大危险性，也可能面临相应记分处罚，具体记分分值需根据实际违法情节和地方规定确定。若不属于高速公路严格管理范围，但违反了一般道路通行规定，也可能根据地方实施细则被记分。
违法性质与处罚考量：
- 在收费站后分叉路口停车倒车，属于在道路上不按规定行驶的行为，这种行为极易引发交通事故，危害公共安全。
- 处罚时，交警部门会综合考虑违法行为的严重程度、是否造成实际危害后果、驾驶人的一贯表现等因素。例如，若倒车行为未造成交通事故，且驾驶人态度诚恳，可能从轻处理；反之，若因此导致交通事故或存在其他恶劣情节，则可能从重处罚。
特殊情况说明：
- 如果因特殊原因（如车辆故障、突发疾病等）需要临时停车或倒车，驾驶人应立即开启危险报警闪光灯，并在车后设置警告标志，同时迅速报警或寻求帮助。这种情况下，若能及时采取安全措施并说明情况，交警部门可能会根据实际情况减轻或免除处罚。
建议：驾驶人在行驶过程中应严格遵守交通规则，特别是在收费站、分叉路口等复杂路段，要提前规划好行驶路线，避免因疏忽大意而违法。若不慎违法，应主动接受处罚，并从中吸取教训，确保今后不再发生类似行为。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。