代持股东与实际出资人在破产清算中的协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，通常是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的法律基础
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。代持股东与实际出资人之间的协议，若双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议是有效的。
隐名投资协议的效力：
- 在公司法领域，隐名投资（即实际出资人通过代持股东名义进行投资）并不被法律所禁止。只要隐名投资协议（即代持股东与实际出资人之间的协议）内容合法，且双方均按照协议履行义务，该协议即具有法律效力。
二、破产清算中的特殊考虑
破产财产的认定：
- 在破产清算中，破产财产是指破产宣告时及破产程序终结前，破产人所有的供破产清偿的全部财产。若代持股东名下的股权实际上属于实际出资人，且该股权在破产宣告前已通过合法方式转移至实际出资人名下，或虽未转移但已通过法律程序确认其归属实际出资人，则该股权不属于破产财产。
- 若代持股东与实际出资人之间的协议在破产清算前未得到妥善处理，且股权仍登记在代持股东名下，则该股权可能被视为破产财产进行清算。但此时，实际出资人可依据有效协议向代持股东主张权利，要求其赔偿因股权被清算而造成的损失。
债权人利益的保护：
- 在破产清算中，债权人的利益应得到优先保护。若代持股东与实际出资人之间的协议存在损害债权人利益的情形（如通过协议逃避债务），则该协议可能被认定为无效或部分无效。
三、协议无效的情形
违反法律、行政法规的强制性规定：
- 若代持股东与实际出资人之间的协议违反了法律、行政法规的强制性规定（如涉及非法集资、洗钱等违法行为），则该协议无效。
违背公序良俗：
- 若协议内容违背公序良俗（如涉及不道德的交易、恶意串通损害他人利益等），则该协议同样无效。
恶意串通损害他人利益：
- 若代持股东与实际出资人恶意串通，通过协议损害其他股东或债权人的利益，则该协议可能被认定为无效。
四、法律建议
完善协议内容：
- 代持股东与实际出资人之间的协议应明确双方的权利义务、股权归属、收益分配、风险承担等关键条款，以避免在破产清算等情况下产生纠纷。
及时办理股权变更手续：
- 若实际出资人希望确保股权归属，应及时办理股权变更手续，将股权从代持股东名下转移至自己名下。
咨询专业律师：
- 在涉及破产清算等复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律意见。
总结来说，代持股东与实际出资人在破产清算中的协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。但为确保自身权益，双方应完善协议内容、及时办理股权变更手续，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。