结论：一般情况下，法人通过司法拍卖取得厂房后，不可以用子公司直接办理该厂房的房产证，但存在特殊处理方式可实现类似目的。以下为详细分析：

1. 司法拍卖取得厂房的产权归属 法人通过司法拍卖程序竞得厂房，根据《民法典》及相关司法解释，自拍卖成交裁定送达买受人时，厂房的所有权即转移至该法人名下。此时，厂房的产权登记主体应为参与竞拍并成交的法人本身，而非其子公司。子公司作为独立法人主体，与母公司在法律上具有独立人格，母公司竞得的财产不能直接登记至子公司名下。

2. 直接以子公司名义办理房产证的障碍 房产证（不动产权证书）的办理需以产权登记为基础，而产权登记需遵循“房地一致”原则，即房屋所有权与土地使用权主体需一致。若厂房产权已登记至母公司名下，则无法直接以子公司名义办理房产证，否则将导致产权主体与登记主体不一致，违反法律规定。

3. 特殊处理方式：产权过户或资产划转 若法人希望将厂房产权转移至子公司名下，可通过以下两种方式实现：

   • 产权过户：母公司与子公司签订房屋买卖合同或赠与合同，将厂房产权过户至子公司名下。此方式需缴纳相关税费（如契税、增值税等），并办理产权变更登记手续。
   • 资产划转：若母公司与子公司存在股权关系，且符合特定条件（如同一控制下企业合并），可通过资产划转方式将厂房产权转移至子公司名下。此方式可能享受税收优惠政策，但需满足严格条件并履行相关程序。

4. 操作建议 若法人希望以子公司名义持有厂房产权，建议先以母公司名义办理房产证，再通过产权过户或资产划转方式将产权转移至子公司名下。在此过程中，需注意遵守相关法律法规，确保程序合法合规，并妥善处理税费问题。

若您在司法拍卖或产权转移过程中遇到法律问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业、详细的解答。