员工恶意进行劳动仲裁时，案件仍然有可能进入调解程序，但当事人有权决定是否接受调解。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动仲裁调解的自愿原则

劳动仲裁调解遵循自愿原则，即当事人有权自主决定是否接受调解。这意味着，如果员工恶意提起劳动仲裁，而企业认为该仲裁请求缺乏事实和法律依据，企业有权选择不接受调解，并要求仲裁委依法进行裁决。

二、恶意劳动仲裁的受理与调解

1. 受理情况：只要员工提出的劳动仲裁请求属于劳动争议仲裁受案范围，劳动争议仲裁委员会就必须受理，而不会对劳动者是否恶意进行判断。这包括因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、除名、辞退和辞职、离职、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。

2. 调解可能性：尽管案件可能涉及恶意仲裁，但仲裁委在受理案件后，仍可能根据案件情况提出调解建议。此时，企业作为被申请人，有权根据自身判断决定是否接受调解。

三、不接受调解的后果与应对策略

1. 后果：如果企业选择不接受调解，仲裁程序将正常推进，这可能会耗费一定的时间和精力。同时，如果仲裁结果对企业不利，企业可能需要通过后续的法律程序（如法院诉讼）来维护自身权益。

2. 应对策略：

   • 积极准备证据：在仲裁过程中，企业应积极准备证据，从事实和法律角度反驳员工的主张。这有助于证明员工的仲裁请求缺乏事实和法律依据。
   • 证明恶意仲裁：如果企业能够证明员工存在恶意仲裁行为，并给企业造成了损失，企业还可以依法要求员工承担赔偿责任。
   • 综合权衡：企业需要综合权衡接受调解与不接受调解的利弊，包括时间成本、经济成本以及可能对企业声誉的影响等。

四、法律建议

1. 保持冷静与理性：面对恶意劳动仲裁，企业应保持冷静与理性，避免情绪化决策。
2. 及时咨询专业律师：企业可以及时咨询专业律师，了解自身权益和应对策略，以便更好地维护自身利益。
3. 积极应对仲裁程序：无论是否接受调解，企业都应积极应对仲裁程序，确保自身权益得到充分保障。

如果有任何关于劳动仲裁或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。