针对您提出的“父母有案底，子女已经去当兵了怎么办”这一问题，我们可以从征兵政治考核的相关规定和实际情况来进行详细分析。

首先，需要明确的是，征兵政治考核主要关注的是应征青年本人的政治思想表现。然而，家庭成员的情况，包括父母，也会在一定程度上被纳入考核范围，特别是当家庭成员涉及危害国家安全、参与非法组织等严重违法行为时。

一、父母案底对子女当兵的具体影响

1. 一般犯罪行为：如果父母是因为一般类型的犯罪行为受到刑事处罚，且并未涉及危害国家安全、参与非法组织等严重情节，那么这种情况通常不会直接影响子女的政治考核。但最终结论仍需以政治考核组依据有关规定和实际情况综合确定。

2. 严重犯罪行为：如果父母是因为危害国家安全行为受到刑事处罚，或者正在被侦查、起诉、审判，又或者是组织、参加、支持民族分裂、暴力恐怖、宗教极端等非法组织的成员，那么子女的政治考核结论很可能会被判定为“不通过”。

二、子女已入伍的情况处理

1. 已通过政治考核：如果子女在入伍前已经通过了政治考核，且在入伍后并未发现新的不符合政治条件的情况，那么一般情况下，父母的案底不会对子女在部队的服役产生直接影响。但部队仍会定期进行政治审查，以确保士兵的政治素质。

2. 发现新情况：如果在子女服役期间，发现其父母有新的严重违法行为，或者之前未被发现的严重违法行为被揭露，部队可能会根据相关规定对子女进行进一步的政治审查，甚至可能影响其在部队的服役。

三、建议与措施

1. 保持沟通：建议子女与部队保持密切沟通，及时了解部队的政治审查要求和规定，确保自己始终符合政治条件。

2. 遵守规定：子女在部队应严格遵守各项规章制度，保持良好的政治素质和行为表现，以维护自己的军人形象和部队的荣誉。

3. 咨询专业人士：如果对于父母的案底是否会影响自己在部队的服役有疑虑，可以咨询部队的政治工作部门或相关法律专业人士，以获取更准确和专业的解答。

综上所述，父母有案底并不一定会直接影响子女在部队的服役，但具体影响还需根据案底的性质、严重程度以及部队的政治审查要求来综合判断。子女应保持与部队的沟通，遵守规定，并在有疑虑时咨询专业人士。