当纪检监察机关决定撤销案件时，其处理流程和相关规定是严谨且明确的。以下是对这一问题的详细解答：
一、撤销案件的条件
根据《中华人民共和国监察法实施条例》的相关规定，监察机关在调查过程中，若发现没有证据证明或者现有证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，应当依法撤销案件。这包括两种情形：
- 事实查否：即没有证据证明被调查人存在违法犯罪行为，如检举失实、完全查否等情形。
- 事实存疑：即现有证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，综合全案证据，对所认定事实达不到“事实清楚、证据确凿”的证明标准。
二、撤销案件的程序
提出撤销意见或建议：
- 调查部门在调查过程中发现符合撤销案件条件的，应提出撤销案件意见，并制作《撤销案件意见书》等法律文书，报批后作出处理。
- 案件审理部门经审理认为现有证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，且通过退回补充调查仍无法达到证明标准的，应提出撤销案件的建议，并向调查部门反馈，由调查部门办理撤销案件手续。
备案或审查：
- 省级以下监察机关撤销案件后，应在七个工作日以内向上一级监察机关报送备案报告，由上一级监察机关监督检查部门负责备案工作。
- 省级以下监察机关拟撤销上级监察机关指定管辖或者交办案件的，应将《撤销案件意见书》连同案卷材料，在法定调查期限到期七个工作日前（对于重大、复杂案件，在法定调查期限到期十个工作日前）报指定管辖或者交办案件的监察机关审查。
作出撤销决定：
- 指定管辖或者交办案件的监察机关同意撤销案件的，下级监察机关应作出撤销案件决定，并制作《撤销案件决定书》。
- 指定管辖或者交办案件的监察机关不同意撤销案件的，下级监察机关应执行该决定。
三、撤销案件后的处理
- 宣布撤销决定：监察机关应将撤销案件的决定向被调查人宣布，并由其在《撤销案件决定书》上签名、捺指印。
- 解除监察强制措施：立即解除对被调查人的监察强制措施，如留置等。
- 通知所在单位：将撤销案件的决定通知被调查人所在单位，由其所在单位做好恢复被调查人名誉、身份和其他待遇的工作。
- 涉案财物处理：对查封、扣押、冻结的涉嫌职务犯罪所得财物及孳息，应妥善保管，并依法作出处理。对于与案件无关的财物，不得没收、追缴。
- 重新立案：撤销案件后又发现重要事实或者有充分证据，认为被调查人有违法犯罪事实需要追究法律责任的，应当重新立案调查。
四、监督与保障
- 监督审查：为了有效控制撤案程序中的权力滥用和程序异化倾向，监察法实施条例规定了事后监督和撤案报告两种监督审查模式。
- 合法权益保障：在撤案程序中，监察机关应充分尊重被调查人的合法权益，包括合理处置涉案财物、宣布撤销决定、通知所在单位、澄清正名以及申请国家赔偿等。
综上所述，纪检监察机关在撤销案件时，必须遵循严格的程序和规定，确保撤销案件的合法性和公正性。同时，也要充分保障被调查人的合法权益，体现程序法治的理念和公正执法的鲜明导向。