持有汽车驾驶证但无证驾驶摩托车，会按无证驾驶进行处罚。具体来说，依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，驾驶与准驾车型不符的机动车，在性质上等同于无证驾驶，将面临以下处罚：
罚款：
- 通常会处以200元以上2000元以下罚款。具体罚款金额，执法部门会综合实际情况裁量，但一般不会低于200元，也不会超过2000元。
拘留：
- 公安机关交通管理部门可对驾驶人处15日以下拘留。是否拘留以及拘留时长，会结合违法情节判定，如是否存在其他违法行为、是否造成交通事故等。
驾驶证记分：
- 持有汽车驾驶证驾驶摩托车，属于驾驶与准驾车型不符的车辆，一次性记9分。这将对驾驶人的驾驶证记分记录产生影响，可能影响后续的驾驶资格和保险费用等。
举例说明：
- 假设某人持有C1驾驶证（小型汽车驾驶证），但骑摩托车上路被查。交警部门会依据上述规定，对其处以罚款（如500元），可能给予拘留处罚（如拘留5日），同时在其C1驾驶证上记9分。
法律建议：
- 为了避免不必要的法律风险和处罚，驾驶人在驾驶机动车前，应确保自己持有与准驾车型相符的驾驶证。
- 如果打算驾驶摩托车，应依法取得摩托车驾驶证（如E证或F证），以确保合法合规地上路行驶。
- 如果已经持有汽车驾驶证但无证驾驶摩托车被查，应积极配合交警部门的处理，接受罚款、拘留等处罚，并尽快取得摩托车驾驶证，以避免再次发生类似情况。
其他后果：
- 无证驾驶摩托车不仅可能面临法律处罚，还可能对个人的经济和生活造成不利影响。例如，如果发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，给驾驶人带来经济损失。
- 多次违法未处理可能会影响驾驶人的个人信用记录，后续在办理其他车辆相关业务时可能会受到限制。
综上所述，持有汽车驾驶证但无证驾驶摩托车是违法的，将面临罚款、拘留和驾驶证记分等处罚。为了自身和他人的安全，以及避免不必要的法律风险，驾驶人应依法取得对应的驾驶资格。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。