职务侵占事实不清，通常是指案件中关于行为人是否构成职务侵占罪的关键事实存在疑问或无法查证的情况。具体来说，可以从以下几个方面来理解和判断：
一、主观故意方面的事实不清
行为人是否明知：职务侵占罪要求行为人明知自己利用职务便利侵占公司财物的行为性质，并具有非法占有目的。如果行为人对行为的性质存在误解，或者因疏忽大意等原因导致对财物的占有，那么可能无法认定其具有主观故意。例如，行为人可能误以为自己有权处置某笔财物，而实际上并无此权限，这种情况下就可能存在主观故意方面的事实不清。
行为表现与认知能力的综合判断：在认定主观故意时，需要从行为人的行为表现、认知能力等方面进行综合判断。如果行为人明知公司财物管理规定却故意违反，将公司财物占为己有，或者在被要求归还财物时仍拒绝归还，这些行为都可以作为认定主观故意的依据。但如果行为人没有这些明显的行为表现，或者其行为表现与认知能力不符，那么就可能存在主观故意方面的事实不清。
二、客观行为方面的事实不清
是否利用职务便利：职务侵占罪要求行为人利用职务上的便利进行侵占。如果行为人并未利用职务便利，而是通过其他手段（如欺骗、盗窃等）获取公司财物，那么就不构成职务侵占罪。因此，在认定职务侵占罪时，需要查清行为人是否确实利用了职务便利。
是否侵占本单位财物：职务侵占罪的对象是本单位财物。如果行为人侵占的并非本单位财物，而是其他单位或个人的财物，那么就不构成职务侵占罪。因此，在认定职务侵占罪时，需要查清行为人侵占的财物是否属于本单位。
侵占数额是否达到标准：根据法律规定，职务侵占罪的数额较大起点是6万元。如果行为人侵占的财物数额未达到这一标准，那么就不构成职务侵占罪（但可能构成其他犯罪，如盗窃罪等）。因此，在认定职务侵占罪时，需要查清行为人侵占的财物数额是否达到立案标准。
三、证据方面的事实不清
证据是否充分：在认定职务侵占罪时，需要依靠充分的证据来支持。如果证据不足或者存在矛盾，那么就可能无法认定行为人构成职务侵占罪。例如，如果缺乏行为人利用职务便利的证据，或者行为人侵占财物的证据不充分，那么就可能存在证据方面的事实不清。
证据是否合法：除了证据是否充分外，还需要考虑证据的合法性。如果证据是通过非法手段获取的，那么就不能作为认定职务侵占罪的依据。因此，在收集证据时，需要确保证据的合法性和真实性。
法律建议与后果
对于行为人：如果面临职务侵占的指控，但认为事实不清或证据不足，应当积极收集有利于自己的证据，如工作记录、通讯记录等，以证明自己的清白。同时，也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
对于公司：如果发现员工存在职务侵占的行为，应当及时收集证据并报警。在报警前，可以尽量固定相关证据，如财物出入记录、账目明细等。同时，也可以咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到最大程度的保护。
法律后果：如果行为人被认定构成职务侵占罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。而如果事实不清或证据不足，无法认定行为人构成职务侵占罪，那么行为人将不会承担刑事责任。但需要注意的是，即使行为人未被认定构成职务侵占罪，也可能因其他违法行为而承担相应的法律责任。
在实际操作中，职务侵占罪的事实认定是一个复杂而细致的过程。如果您对具体案件中的事实认定存在疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。