征收协议应向作出该协议的行政机关的上一级地方人民政府申请行政复议。以下是对此问题的详细分析：
一、行政复议的基本概念
行政复议是公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益时，依法向行政复议机关提出申请，由行政复议机关对该具体行政行为进行审查并作出决定的活动。在征收协议的情境下，如果被征收人认为行政机关在签订、履行征收协议过程中存在违法或不当行为，侵犯了其合法权益，那么被征收人有权依法申请行政复议。
二、申请行政复议的对象
作出征收决定的主体：
- 一般来说，作出征收决定的主体是县级以上地方人民政府。因此，如果被征收人对征收协议不服，可以向该县级以上地方人民政府的上一级地方人民政府提出行政复议申请。
- 例如，某县作出房屋征收决定并签订了征收协议，当事人不服可向该市人民政府申请行政复议。
特殊情况下的复议对象：
- 如果征收协议是由其他行政机关（如区级政府或其部门）作出的，那么被征收人应向该行政机关的上一级行政机关申请行政复议。
- 在某些情况下，如果征收协议涉及多个行政机关或存在层级关系复杂的情形，被征收人可能需要根据具体情况确定复议对象。此时，建议咨询专业律师以获取准确指导。
三、申请行政复议的注意事项
准备证据材料：
- 在申请行政复议时，被征收人应准备充分的证据和材料，如征收协议、相关证明文件等，以支持其主张。这些证据材料应能够证明行政机关在签订、履行征收协议过程中存在违法或不当行为。
注意时效限制：
- 行政复议有一定的时效限制。根据《中华人民共和国行政复议法》的规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请（法律规定的申请期限超过六十日的除外）。因此，被征收人应及时咨询专业律师并启动复议程序，以确保其权益得到及时保护。
了解地方差异：
- 实践中，各地对于征收协议行政复议的具体处理方式可能存在一定差异。被征收人在申请行政复议前，应了解当地的相关规定和流程，以便更好地维护自己的合法权益。
四、法律后果与建议
- 如果行政复议机关认为行政机关的具体行政行为违法或不当，它将作出撤销、变更或确认该行为违法的决定。这将有助于被征收人维护自己的合法权益。
- 如果被征收人对行政复议决定不服，还可以依法向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径进一步维护自己的权益。
建议：在申请行政复议前，被征收人应充分了解相关法律法规和流程，并准备充分的证据和材料以支持其主张。同时，也可以考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。