结论：政府回购资金逾期是否计算复利，需结合合同约定、法律规定及具体情形综合判断，通常需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 合同有明确约定时，依约定处理

若政府与相对方（如开发商、承包商等）在回购协议中明确约定了逾期付款的违约责任，包括是否计算复利、复利计算方式（如日利率、月利率）及起算时间等，则应优先按合同约定执行。
法律依据：

• 《民法典》第五百七十七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”
  
• 合同自由原则：双方可在不违反法律强制性规定的前提下，自由约定违约责任形式。
  

示例：若协议约定“逾期付款的，按未付金额的日万分之五计算复利”，则政府需按此标准支付。

2. 合同无约定时，通常不支持复利，但可主张单利或实际损失

若合同未约定复利，根据现行法律，政府作为行政主体或公共资金管理者，逾期付款的违约责任一般以赔偿实际损失为限，通常不支持复利。但相对方可主张：

• 单利违约金：按约定或法定利率（如LPR）计算逾期利息；
  
• 实际损失赔偿：如因逾期导致资金占用成本、再融资成本增加等，可要求政府赔偿直接损失。
  

法律依据：

• 《民法典》第五百八十四条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。”
  
• 行政合同特殊性：政府回购协议可能兼具行政与民事属性，但违约责任仍以填补损失为原则，复利因具有惩罚性，通常不被支持。

3. 特殊情形：政府主动承诺或地方性法规有规定

若政府在协议外通过会议纪要、承诺函等形式明确同意支付复利，或地方性法规、规章对政府回购逾期责任有特殊规定（如允许复利），则可能按特殊规则处理。但此类情形需严格审查文件效力及合法性。

建议：

1. 核查回购协议文本，确认是否有复利条款；
   
2. 若无约定，收集实际损失证据（如资金占用证明、融资合同等），主张单利或赔偿；
   
3. 涉及重大金额或复杂情形，可进一步提供协议文本，我将协助分析具体条款效力及诉讼策略。
   

如有其他细节需补充，欢迎随时告知。