境内公司的自然人股东变更国籍后，该公司的企业性质通常不会因此发生改变，公司仍为内资企业。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《关于外国投资者并购境内企业的规定》第55条：明确指出，境内公司的自然人股东变更国籍的，不改变该公司的企业性质。这一规定直接回应了股东国籍变更对公司性质的影响问题，为判断提供了明确的法律依据。
出资来源地原则：我国认定公司性质（内资或外资）的主要依据是股东的出资来源地，而非股东的国籍。因此，即使股东变更国籍，只要其出资来源未发生变化，公司性质就不会因此改变。
二、具体情境分析
股东变更国籍后继续持有股份：
- 在此情况下，由于股东的出资来源未发生变化，公司性质不会因股东国籍的变更而改变。公司仍为内资企业，无需进行外资企业的相关审批和登记手续。
股东变更国籍后通过继承等方式取得股份：
- 继承股权并不属于初始投资行为，因此不会改变公司的出资来源地。根据相关法律法规和案例，即使继承人是外籍人士，公司性质仍为内资企业。例如，在上海市第一中级人民法院的(2009)沪一中民五(商)终字第7号案件中，法院明确认为，已入外国籍的华人继承内资公司股权，在不改变该公司出资来源地的情况下，该内资公司不应变更为外商投资企业。
三、可能涉及的合规要求与应对措施
工商变更登记：
- 虽然股东变更国籍不影响公司性质，但公司可能需要根据相关法律法规进行工商变更登记，以更新股东信息。然而，现行法律法规中并无对于股东变更国籍后是否需要进行工商变更登记的强制性规定，在名称、地址、负责人、经营范围、经营方式、经济性质、隶属关系、资金数额的公司主要注册事项不发生变化的情况下，一般不需要办理工商登记变更。
公司章程修订：
- 如果公司章程对股东国籍有所规定，股东国籍变更后，公司应根据实际情况对章程进行修订，并履行相应的法定程序，如召开股东会进行决议等。
外汇管理与合规：
- 如果公司未来有外资引入或跨境交易等需求，应关注外汇管理方面的合规要求，确保资金流动的合法合规性。
四、风险提示与建议
- 风险提示：虽然股东变更国籍不影响公司性质，但公司应密切关注相关法律法规的变动，及时调整自身运营策略，以适应不断变化的法律环境。同时，公司应确保所有运营活动均符合相关法律法规的要求，避免因违规行为而引发的法律风险。
- 建议：为确保合规性，建议公司在股东国籍变更前咨询专业律师或相关机构，全面了解可能涉及的法律问题和应对措施。
综上所述，境内公司的自然人股东变更国籍后，该公司的企业性质通常不会因此发生改变。公司应继续遵守相关法律法规，确保运营活动的合法合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。