关于您提到的父母留下的房子兄弟二人如何写协议书的问题，这实际上是一个涉及房产继承与分配的协议制定问题。以下是一个针对您情况的协议书范本及详细解释，旨在帮助您和您的兄弟明确各自的权利与义务，确保房产的合理分配与使用。

房产继承与分配协议书

甲方（长子）： [您的姓名] 乙方（次子）： [您兄弟的姓名]

鉴于父母（房主）已故，遗留有位于[具体地址]的房产一套，现经甲乙双方友好协商，就房产的继承与分配事宜达成如下协议：

一、房产基本情况

1. 房产地址：[具体地址]
2. 房产面积：[具体面积]平方米
3. 房产证号：[房产证编号]

二、继承与分配原则

1. 甲乙双方作为父母的合法继承人，均有权继承该房产。
2. 考虑到双方的实际需求与公平原则，经协商，决定将该房产进行如下分配：
   • 甲方获得房产的[具体比例或部分，如“一层及二层的一半”]
   • 乙方获得房产的[具体比例或部分，如“二层另一半及三层”] （注：具体分配方式应根据实际情况调整，确保公平合理）

三、权利与义务

1. 赡养义务：甲乙双方应共同承担对已故父母的赡养纪念责任（若父母尚有在世长辈需赡养，则应明确赡养责任），并尊重彼此在房产中的权益。
2. 房产使用：双方应按照协议约定的部分使用房产，不得擅自改变房产结构或用途。
3. 维护修缮：房产的日常维护与修缮费用由双方按比例分担。
4. 拆迁补偿：如遇房产拆迁，双方应按照各自所占房产比例分享拆迁补偿。

四、特别约定

1. 双方同意，未经对方书面同意，不得将各自所占房产部分转让、抵押或出租给第三方。
2. 如一方需出售其房产部分，另一方享有优先购买权。
3. 双方应和睦相处，遇事共同商议，不得以任何理由侵害对方利益。

五、争议解决

如双方在执行本协议过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成时，可提交至[具体仲裁机构或法院]进行仲裁或诉讼。

六、协议生效与变更

1. 本协议自甲乙双方签字盖章之日起生效。
2. 本协议一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
3. 本协议未尽事宜，可由双方另行协商补充，并作为本协议的附件。

甲方签字： [您的签名] 日期： [签订日期]

乙方签字： [您兄弟的签名] 日期： [签订日期]

请根据实际情况调整上述范本中的具体内容，如房产地址、面积、分配比例等，以确保协议的准确性和有效性。在签订协议前，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保协议的合法性和可执行性。希望这个协议书范本能对您有所帮助。