一个项目在两个工厂建设是否合法，取决于具体情况和相关法律规定。以下是针对此问题的详细分析：
一. 项目管理的统一性与责任明确性
- 根据《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设项目需要确保管理的统一性和责任的明确性。这意味着，在理想情况下，一个建设项目应有一个明确的建设单位来负责整个项目的发起、规划、实施及管理。
- 如果两个工厂分别作为建设单位，可能会导致产权不明、责任不清，进而影响工程进度、质量和安全管理，甚至引发法律纠纷。
二. 合法性的判定因素
土地使用权与工业用地规划：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。因此，两个工厂分别建设项目时，需确保各自拥有合法的土地使用权，且符合当地的工业用地规划和相关政策。
环境保护与安全生产：
- 两个工厂在建设项目时，需确保各自的建设和运营符合环境保护的相关法律法规，不会对周边环境造成污染。
- 同时，还需遵守安全生产的相关法律法规，确保生产过程中的安全。
合同与分包管理：
- 如果两个工厂是通过分包或联合体的形式参与同一项目，那么需要确保分包单位具备相应资质，并遵守相关法律法规。此外，联合体各方应签订共同投标协议，明确约定各方拟承担的工作和责任。
三. 建议与结论
- 单一建设单位主导：为避免法律和管理上的混乱，我建议明确一个建设单位作为主导方，负责整个项目的统一管理和责任承担。其他参与方可以通过签订协议明确各自的权利和义务。
- 合法合规性审查：在决定在两个工厂分别建设项目之前，应进行全面的合法合规性审查，确保项目符合所有相关法律法规的要求。
- 我的观点：一个项目在两个工厂建设是否合法，并不是一个简单的“是”或“否”的问题。它取决于多个因素的综合考量，包括土地使用权、工业用地规划、环境保护、安全生产以及合同与分包管理等。只有在确保所有方面都符合法律法规的前提下，才能认为这种建设方式是合法的。
如有进一步需要，您可以继续咨询我。