针对您提出的“公司已注销如果查出有违法犯罪怎么办”这一问题，我会结合相关法律法规和实际情况，为您详细解答。
首先，需要明确的是，公司注销后，其法人资格即告终止，原则上不再具备承担法律责任的能力。但是，这并不意味着注销后的公司就可以完全逃避法律责任，特别是在涉及违法犯罪行为的情况下。
一、未清偿债务或违法行为的责任承担
如果公司在注销前存在未清偿的债务或违法行为，相关责任可能并不会因为公司的注销而消失。根据法律规定，股东可能需要对公司的债务在出资范围内承担连带清偿责任。同时，对于违法行为导致的后果，股东或其他相关责任人员也可能需要承担相应的法律责任。
二、注销程序瑕疵的处理
如果公司注销程序存在瑕疵，比如未依法进行清算等，那么相关部门可能会要求重新进行清算。清算的目的是为了确定责任主体和承担方式，确保所有相关责任都得到妥善处理。
三、严重违法行为的法律后果
对于涉嫌严重违法的情况，相关部门会通过法律途径追讨违法所得、进行行政处罚，甚至可能追究刑事责任。虽然公司已经注销，但如果能够证明相关责任人员在注销过程中存在恶意逃避债务、违法经营等行为，那么这些责任人员仍然可能被依法追究责任。
四、对已注销公司的行政处罚限制
一般情况下，对已注销的公司本身不能进行行政处罚，因为其法人资格已经终止。但是，如果公司注销过程中存在违法行为，且相关责任人员在公司注销后仍可被追溯责任，那么对于这些责任人员可以依据相关法律法规进行行政处罚。
五、实际操作建议
保留相关证据：如果公司注销后可能涉及违法犯罪行为，建议保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。
咨询专业律师：面对复杂的法律问题，建议咨询专业律师，获取更具体、更专业的法律建议。
配合调查：如果相关部门对公司注销后的违法犯罪行为进行调查，应积极配合，提供必要的信息和协助。
综上所述，公司注销后如果查出有违法犯罪行为，相关责任并不会因为公司的注销而消失。股东或其他相关责任人员可能需要根据具体情况承担相应的法律责任。因此，建议公司在注销前确保所有债务得到清偿，所有违法行为得到妥善处理，以避免不必要的法律风险。