农村自建房能否开诊所以及是否合法，不能一概而论，关键在于是否满足法定的开办条件。以下从不同角度为您详细分析：

合法开办诊所的条件

根据现行规定，个人若要开办诊所，需满足一系列条件：

1. 执业资格：申办人应具有执业医师资格，并且经注册后在医疗、预防、保健机构中执业满五年。这是开办诊所的基本前提，确保申办人具备足够的医学知识和实践经验。
2. 医疗用房与设备：诊所要有符合要求的医疗用房，包括诊疗室、治疗室等，以及必要的诊疗设备，如检查床、诊疗器械等。这些设施和设备是提供医疗服务的基础。
3. 卫生技术人员：除了申办人本人外，诊所还应配备一定数量的卫生技术人员，如护士等，以协助申办人开展诊疗活动。
4. 规章制度：诊所应建立完善的规章制度，包括诊疗规范、消毒隔离制度、医疗废物处理制度等，以确保医疗服务的质量和安全。

农村自建房开诊所的合法性分析

1. 满足条件时合法：如果农村自建房符合上述开办诊所的条件，即申办人具备执业资格、医疗用房和设备符合要求、配备有卫生技术人员、并建立了完善的规章制度，那么在该自建房中开办诊所就是合法的。
2. 不满足条件时不合法：如果农村自建房不符合开办诊所的条件，比如申办人没有执业资格、医疗用房和设备不达标、没有配备卫生技术人员或规章制度不完善等，那么在该自建房中开办诊所就是不合法的。未经许可擅自开办诊所行医属于违法行为，会受到卫生行政部门的处罚，这不仅会损害就诊患者的权益，也扰乱了正常的医疗秩序。

法律建议

1. 核实自身条件：在考虑在农村自建房中开办诊所前，应首先核实自身是否满足开办诊所的条件。如果不满足条件，应先进行补充和完善。
2. 咨询相关部门：在开办诊所前，建议咨询当地卫生行政部门或相关机构，了解具体的开办要求和流程，以确保合法合规。
3. 遵守法律法规：无论是否满足开办条件，都应遵守相关的法律法规，不得擅自开办诊所或从事非法行医活动。

如果您有在农村自建房中开办诊所的意向，或者对开办诊所的条件和流程有疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和指导。