公司名誉权纠纷属于民事案件，而非商事案件。以下从法律定义、法律保护及实务操作三个角度进行详细分析：
一、法律定义角度
根据《中华人民共和国民法典》第一百一十条的规定，法人（包括公司）享有名誉权。名誉权是指法人对其在社会生活中所获得的社会评价，依法享有的不可侵犯的权利。这一权利属于人格权的范畴，是民事权利的重要组成部分。商事案件通常涉及的是商事主体在商事活动中产生的权利义务纠纷，如合同纠纷、票据纠纷等。而公司名誉权纠纷并不直接涉及商事活动的具体内容，而是关于公司社会评价的保护问题，因此不属于商事案件。
二、法律保护角度
民事保护：当公司的名誉权受到侵害时，公司有权依据《民法典》的相关规定，要求侵权人承担停止侵害、消除影响、恢复名誉等民事责任。这些责任形式均属于民事责任的范畴，体现了法律对公司名誉权的民事保护。
商事保护缺失：在商事法律体系中，并没有直接针对公司名誉权保护的专门规定。商事法律更侧重于调整商事主体之间的交易关系，而非保护商事主体的社会评价。因此，从法律保护的角度来看，公司名誉权纠纷也不属于商事案件。
三、实务操作角度
案件受理：在司法实践中，公司名誉权纠纷通常由民事审判庭受理，而非商事审判庭。这进一步证明了公司名誉权纠纷属于民事案件的范畴。
法律适用：在处理公司名誉权纠纷时，法院主要依据的是《民法典》中关于名誉权保护的规定，而非商事法律。这体现了在实务操作中，公司名誉权纠纷被视为民事案件进行处理。
建议：
加强法律意识：公司应增强对名誉权的保护意识，避免自身行为侵犯他人名誉权，同时积极维护自身的名誉权不受侵害。
及时采取法律措施：一旦发现公司的名誉权受到侵害，公司应及时收集证据，并咨询专业律师，通过法律途径维护自身的合法权益。
完善内部管理：公司应建立健全内部管理制度，规范员工行为，避免因员工行为不当而导致公司名誉权受损。
综上所述，公司名誉权纠纷属于民事案件，而非商事案件。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。