行政处罚法制部门在行政处罚流程中的审查工作，是确保行政处罚合法、公正、合理的重要环节。根据相关法律法规及实践操作，行政处罚法制部门主要在以下程序中进行审查：

一、初审阶段

在行政处罚案件的承办执法队人员完成调查取证及调查报告等资料的制作后，这些资料会被提交给政策法规股（或类似法制审核部门）进行初审。初审的目的是检查资料的完整性和合规性，确保所有必要的证据和文件都已齐备，且符合法律要求。如果资料不全，法制部门会在规定时间内（如3日内）退回承办股室、队，要求其补充调查。

二、集体讨论前的审查

当审核资料齐全且具备集体讨论条件时，法制部门会提请局上会集体讨论。在此之前，法制部门会对案件进行进一步的审查，确保案件事实清楚、证据确凿、适用法律正确。必要时，法制部门还会邀请法律顾问和相关专家参与讨论，以提供更专业的法律意见。

三、法制审核阶段

在行政机关负责人作出行政处罚决定之前，法制部门会进行法制审核。这是行政处罚流程中的关键环节，旨在确保行政处罚决定符合法律法规的规定，不侵犯当事人的合法权益。法制审核主要针对以下情形：

1. 涉及重大公共利益的：如案件可能对社会公共利益产生重大影响，法制部门会进行严格审查。
2. 直接关系当事人或者第三人重大权益，经过听证程序的：如果案件涉及当事人的重大权益，且已经过听证程序，法制部门会确保听证结果得到充分考虑。
3. 案件情况疑难复杂、涉及多个法律关系的：对于复杂案件，法制部门会进行深入分析，确保法律适用准确无误。
4. 法律、法规规定应当进行法制审核的其他情形：根据具体法律法规的要求，法制部门还会对其他需要审核的情形进行审查。

四、审核意见的形成与反馈

经过法制审核后，政策法规股（或类似法制审核部门）会填写法制审核意见，明确指出案件存在的问题或提出改进建议。这份审核意见会交由案件承办人按程序办理，确保行政处罚决定的合法性和合理性。

五、特殊情形下的审查

除了上述常规审查程序外，对于情节复杂或者重大违法行为给予行政处罚的案件，行政机关负责人还会集体讨论决定。在此过程中，法制部门也会发挥重要作用，提供法律支持和专业意见。

综上所述，行政处罚法制部门在行政处罚流程中的审查工作贯穿始终，从初审到集体讨论前的审查，再到法制审核阶段，以及特殊情形下的审查，都体现了法制部门对行政处罚合法性和合理性的严格把控。