结论：医疗费1万却签订2000元的赔付协议，其有效性需根据具体情况判断，可能有效也可能无效。
分析：
协议内容合法且双方自愿：
- 如果该赔付协议是在双方平等、自愿的基础上签订的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议是有效的。这意味着，即使实际医疗费为1万元，但双方通过协商一致，同意以2000元了结此事，这样的协议在法律上是站得住脚的。
存在重大误解或显失公平：
- 如果签订协议时，一方对医疗费的实际金额存在重大误解，或者协议内容显失公平（例如，一方利用另一方的无知、急迫、轻信等不利境地，使对方接受不利的条件），那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，受损方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。
协议违反法律法规：
- 如果该赔付协议违反了法律法规的强制性规定（例如，试图通过协议逃避法律责任，或者协议内容涉及非法活动），那么该协议是无效的。
法律建议：
- 审查协议内容：首先，应仔细审查赔付协议的内容，确保其合法、合规，并明确双方的权利和义务。
- 考虑实际情况：其次，应考虑实际医疗费与协议赔付金额之间的差距，以及这种差距是否合理、公平。
- 寻求法律帮助：如果对协议的有效性存在疑问，或者认为协议存在不公平、不合理的条款，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体的法律建议和帮助。
可能后果：
- 协议有效：如果协议被认定为有效，那么双方应按照协议内容履行各自的义务。
- 协议无效或可撤销：如果协议被认定为无效或可撤销，那么受损方有权要求重新协商赔付金额，或者通过法律途径解决纠纷。
举例：
- 假设患者因医疗事故遭受了1万元的医疗费损失，但与医院协商后，双方同意以2000元了结此事，并签订了赔付协议。如果协议是在双方平等、自愿的基础上签订的，且内容合法、合规，那么该协议是有效的。
- 另一方面，如果医院利用患者的无知或急迫境地，迫使患者接受2000元的赔付金额，而实际医疗费为1万元，且这种差距明显不合理，那么患者有权请求撤销该协议，并要求医院按照实际损失进行赔付。
总结：医疗费1万却签订2000元的赔付协议，其有效性并非绝对，而是需要根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。