核心结论：企业行政处罚本金已交清但因加罚滞纳金被立案的，企业应积极应对，通过核查处罚合法性、与行政机关协商、申请行政复议或提起行政诉讼等途径维护自身权益。

具体分析：

1. 核查行政处罚及滞纳金的合法性：

   • 企业应首先核查行政机关作出的行政处罚决定是否合法，包括处罚依据、程序是否合规等。
   • 同时，核查滞纳金的计算方式和金额是否符合法律规定，确保行政机关未滥用职权或违反法定程序。

2. 与行政机关协商：

   • 在确认行政处罚及滞纳金存在合法性问题或企业有合理理由认为不应支付全部滞纳金的情况下，企业可以主动与行政机关进行协商。
   • 协商过程中，企业应提供相关证据和理由，争取达成和解或减免部分滞纳金。

3. 申请行政复议：

   • 如果企业认为行政机关的处罚决定或滞纳金计算存在错误，可以在法定期限内向作出处罚决定的行政机关的上一级机关申请行政复议。
   • 行政复议过程中，企业应提交充分的证据和理由，证明行政机关的处罚决定或滞纳金计算不合法或不合理。

4. 提起行政诉讼：

   • 如果企业对行政复议结果不满意，或者行政机关未在法定期限内作出复议决定，企业可以向人民法院提起行政诉讼。
   • 在行政诉讼中，企业应作为原告，提供充分的证据和理由，证明行政机关的处罚决定或滞纳金计算违法，并请求法院撤销或变更处罚决定。

行动建议：

• 及时收集证据：企业应尽快收集与行政处罚及滞纳金相关的所有证据，包括处罚决定书、滞纳金计算单、相关法律法规等。
• 咨询专业律师：虽然我作为律师可以提供法律咨询，但在具体案件中，企业仍应考虑咨询具有行政诉讼经验的专业律师，以便更准确地评估案件风险和制定应对策略。
• 保持沟通：在应对过程中，企业应保持与行政机关的沟通，及时了解案件进展和行政机关的意见，以便调整应对策略。