监察组立案后上交违法款的处理方式需结合违法主体身份、款项性质及案件阶段综合判断，具体处理路径如下：

1. 违法主体为公职人员时

   • 处理依据：根据《中华人民共和国监察法》第三十一条，涉嫌职务犯罪的被调查人主动认罪认罚，包括主动退赃、减少损失的，监察机关经领导人员集体研究并报上一级监察机关批准后，可在移送人民检察院时提出从宽处罚建议。
     
   • 处理程序：
     
     • 立案后，被调查人需在监察机关调查期间主动上交违法所得（如受贿款、贪污款等）；
       
     • 监察机关需对款项性质、金额进行核查，确认与案件关联性；
       
     • 若符合从宽条件，监察机关在《起诉意见书》中明确“建议从宽处罚”，并随案移交违法所得。
       
   • 法律效果：检察院在审查起诉阶段可依法提出从宽量刑建议，法院在判决时可能减轻或从轻处罚。
     

2. 违法主体为非公职人员（如企业、个人）时

   • 处理依据：若案件涉及行贿、共同职务犯罪等，非公职人员主动退赃的，监察机关可依据《监察法实施条例》第二百零九条，将违法所得随案移送司法机关，或依法予以没收、追缴。
     
   • 处理程序：
     
     • 立案后，非公职人员需在监察机关要求下上交违法所得（如行贿款、利益输送所得）；
       
     • 监察机关需出具《涉案财物处理意见书》，明确款项性质及处理方式；
       
     • 若案件移送司法机关，违法所得将作为量刑情节或退赔依据。
       
   • 法律效果：主动退赃可能作为从轻情节，但需结合具体罪名（如行贿罪）及退赃时间、金额综合认定。
     

3. 违法款项性质认定关键点

   • 直接关联性：上交款项需与监察机关立案调查的违法事实直接相关（如受贿款需对应具体行贿事实）；
     
   • 自愿性：需为被调查人或相关人员主动上交，而非强制扣押；
     
   • 完整性：需全额退还违法所得，避免部分退赃导致从宽情节不成立。
     

风险提示：若上交款项性质存疑（如与案件无关或来源不明），监察机关可能不予认定，甚至追究相关人员妨碍调查的法律责任。

建议：若涉及具体案件，需结合立案通知书、违法款项明细等材料，由律师协助与监察机关沟通，确保程序合法性及从宽情节有效认定。如有进一步疑问，可直接向我咨询。