集体土地使用权的确定主要由政府相关部门负责，而非法院认定。以下是对此问题的详细分析：
一. 集体土地使用权确定的主体
政府相关部门：
- 法律依据：《土地管理法》等法律法规明确规定了集体土地所有权和使用权的归属及相关程序。政府相关部门，如县级以上人民政府国土资源行政主管部门，负责集体土地使用权的确定工作。
- 实践操作：对于集体土地，由农村集体经济组织或者村民委员会等依照法律规定和集体决策程序，对本集体内的土地使用权进行确定和管理，如农村宅基地的分配、承包地的划分等。这些工作都是在政府相关部门的指导和监督下进行的。
法院的角色：
- 司法裁决：法院在集体土地使用权纠纷中主要扮演裁决者的角色。当土地使用权归属发生争议时，当事人可以通过诉讼程序向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。但法院的裁决是基于当事人提供的证据和法律规定，而非直接确定土地使用权。
- 不直接确定使用权：法院不会主动确定集体土地使用权，而是根据当事人的请求和提供的证据来裁决土地使用权的归属。
二. 集体土地使用权确定的程序
土地登记：
- 程序要求：集体土地使用权的确定通常需要通过土地登记程序。这包括土地登记申请、地籍调查、权属审核、登记注册、颁发土地证书等步骤。
- 法律依据：《土地管理法》规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
其他相关程序：
- 土地承包经营：对于农用地的承包经营权，需要通过土地承包经营方案的通过等程序来确定。这些程序通常也是由政府相关部门指导和监督的。
- 建设用地审批：对于集体建设用地的使用，需要符合土地利用总体规划等相关规定，并经过相应的审批程序。
三. 总结与建议
总结：集体土地使用权的确定主要由政府相关部门负责，通过土地登记等法定程序进行。法院在土地使用权纠纷中扮演裁决者的角色，但不直接确定土地使用权。
建议：对于集体土地使用权的确定问题，建议当事人遵循相关法律法规和程序要求，向政府相关部门申请土地登记和确权。如遇到土地使用权纠纷，可以通过诉讼程序向法院提起诉讼，由法院根据事实和法律进行裁决。
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