秘密文件在投标时，若不符合相关规定，是可以被拒收的。以下从不同角度对这一问题进行详细分析：
一、法律明确规定的拒收情形
违反投标截止时间规定
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第二十八条，投标人必须在招标文件规定的截止时间前将投标文件送达指定地点。若秘密文件作为投标文件的一部分，逾期送达，招标人有权拒收。
未按招标文件要求密封
- 依据《工程建设项目施工招标投标办法》第五十条，投标文件需按照招标文件的要求进行密封。秘密文件若未按要求密封，招标人可以拒收，以防止文件在传递过程中被篡改或损坏，确保招标的公正性。
未通过资格预审
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十三条、第三十六条，资格预审是筛选潜在投标人的重要程序。若秘密文件所属的投标人未通过资格预审，其提交的投标文件（包括秘密文件）不符合招标要求，招标人有权拒收。
投标文件未对招标文件实质性要求作出响应
- 依据《中华人民共和国招标投标法》第二十七条，投标文件必须对招标文件的实质性要求和条件作出明确响应。若秘密文件作为投标文件的一部分，未对招标文件的实质性要求作出响应或响应不符合要求，招标人可以拒收。
联合体投标不符合规定
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条，联合体投标时，联合体的组成、资格条件、共同投标协议等必须符合法律法规和招标文件的规定。若秘密文件所属的联合体投标不符合规定，招标人有权拒收其提交的投标文件。
二、其他可能导致拒收秘密文件的情形
投标文件未送达指定地点
- 即使秘密文件作为投标文件的一部分在截止时间前送达，但未送至招标文件指定的地点，招标人也有权拒收。
投标文件不完整或内容不符合要求
- 投标文件必须包含招标文件要求的全部内容，且各部分内容需符合要求。若秘密文件作为投标文件的一部分，导致文件不完整或内容不符合要求，招标人有权拒收。
投标保证金未缴纳或缴纳不足
- 虽然招标文件要求缴纳投标保证金的条款不直接规定拒收秘密文件，但未缴纳或缴纳不足会影响投标的有效性，可能导致包含秘密文件的整个投标被拒绝。
投标人与招标人存在利害关系
- 如果投标人与招标人之间存在可能影响招标公正性的利害关系，如亲属关系、经济往来等，招标人有权拒收该投标人的投标文件，包括其中的秘密文件，以维护招标的公正性。
三、法律建议
- 严格遵守招标文件要求：投标人在准备和递交投标文件（包括秘密文件）时，务必仔细阅读并严格遵守招标文件的要求，以避免投标文件被拒收。
- 确保文件密封和送达：投标人应确保投标文件（包括秘密文件）按照招标文件的要求进行密封，并在截止时间前送达指定地点。
- 关注资格预审和联合体规定：若投标人需要通过资格预审或以联合体形式投标，应确保符合相关规定，避免因此导致投标文件被拒收。
若您在投标过程中遇到任何法律问题，或对秘密文件在投标时的处理有疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议。