在异地法院调档的过程中，被告不同意并不会直接阻止调档的进行。以下是对这一问题的详细分析：
调档的法律依据与程序
首先，我们需要明确的是，法院调档是司法程序中的一部分，通常是为了审理案件或执行判决而进行的。根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规，法院有权根据案件需要，调取与案件相关的证据材料，包括但不限于合同、账目、通信记录等。这一过程并不完全依赖于被告的同意，而是基于法院的司法职权和案件审理的需要。
被告不同意的影响
程序上的影响：被告不同意调档，并不会直接导致调档程序的中止或撤销。法院在决定调档时，会综合考虑案件的性质、证据的重要性以及调档的必要性等因素。如果法院认为调档是必要的，即使被告不同意，也会依法进行。
实体上的影响：从实体角度来看，被告不同意调档可能会对案件的审理产生一定影响，但这种影响是间接的。例如，如果被告拒绝提供某些关键证据，法院可能会根据其他证据进行裁判，或者对被告的不配合行为进行法律上的评价。然而，这并不意味着被告可以阻止调档的进行。
被告的应对策略
如果被告认为调档行为侵犯了其合法权益，或者调档的证据与案件无关，被告可以通过以下途径进行维权：
提出异议：被告可以在收到法院调档通知后，向法院提出书面异议，说明调档行为的不当之处，并请求法院撤销或变更调档决定。
申请复议：如果被告对法院的调档决定不服，还可以依法申请复议，要求上一级法院对调档决定进行审查。
提供反证：在案件审理过程中，被告可以积极提供反证，以削弱或否定调档证据的证明力。
法律建议
对于被告而言，面对法院调档时，应保持冷静和理性。一方面，要尊重法院的司法职权，配合法院的调查工作；另一方面，也要积极维护自己的合法权益，通过合法途径表达自己的意见和诉求。如果被告对调档行为有异议，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并制定有效的应对策略。
如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。