不能按照保险保额进行赔付。针对“车辆发生事故时市场价格就5000元，车辆修复费用过高能否按照保险保额进行赔付”的问题，以下是我的详细分析：
一. 保险公司的赔付原则
基于定损结果赔付：保险公司对于车辆损失的赔付，通常基于其定损的结果。定损是保险公司对车辆损失情况的评估，以确定赔偿金额。如果修车费用高于保险公司的定损金额，保险公司可能只会按照定损金额进行赔付。
合理费用原则：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及车辆保险合同的相关规定，保险公司赔偿的维修费用应当属于必要的合理费用。若维修费用过高，超出车辆实际价值，则可能被视为不必要或不合理的费用。
二. 车辆修理费高于市值时的处理
沟通协商：首先，车主可以与对方（如修理厂或事故责任方）进行沟通，了解其修车费用的具体明细和依据，尝试通过协商降低费用。
申请鉴定：若沟通无果，车主可以向保险公司反映情况，并提供相关证据。保险公司可能会根据其内部的审核流程对修车费用进行重新评估。车主也有权要求公安机关交通管理部门或者保险公司指定的鉴定机构对车辆损失进行鉴定，鉴定结果将作为理赔的重要依据。
法律途径：若保险公司仍无法解决问题，车主可以选择向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将根据鉴定结果及相关法律法规来判定合理的修车费用。
三. 特殊情况下的赔付
车辆重置费用：若车辆因道路交通事故造成灭失或者无法修复，车主有权请求侵权人赔偿购买交通事故发生时与被损坏车辆价值相当的车辆重置费用。
保险公司拒赔情形：若车辆修理费高于市值，且属于车辆无需修理的情形（如车辆已接近报废年限，修理费用远超实际价值），保险公司可以拒赔。
综上所述，车辆发生事故时市场价格就5000元，若车辆修复费用过高，保险公司不会直接按照保险保额进行赔付。而是会根据定损结果、合理费用原则以及相关法律法规的规定来确定赔偿金额。若车主对保险公司的理赔决定有异议，可以通过沟通协商、申请鉴定或法律途径来寻求合理的解决方案。
我的建议是，车主在面临此类问题时，应首先查阅自己的保险合同，了解其中的具体规定，并与保险公司保持积极沟通。若有必要，可以寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。