女儿还活着，父母擅自注销其户口是违法的。

一. 户口注销的法律规定

1. 根据《中华人民共和国户口登记条例》第八条：“公民死亡，城市在葬前，农村在一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向户口登记机关申报死亡登记，注销户口”。由此可知，注销户口的前提是公民死亡。

二. 分析女儿还活着父母注销户口的行为

1. 若女儿仍存活，但父母却擅自向户口登记机关申报死亡登记并注销其户口，这种行为明显违反了上述法律规定，属于提供虚假信息、误导户口登记机关的违法行为。
2. 此种行为可能会对女儿的正常生活造成严重影响，如影响她的身份证明、社会保障、教育就业等各个方面。

三. 法律后果

1. 父母因提供虚假信息注销女儿户口，可能会面临相应的法律责任，包括但不限于行政处罚。
2. 若因此给女儿造成损失，父母还可能需要承担民事赔偿责任。

综上所述，女儿还活着时，父母擅自注销其户口是违法的，并可能面临法律责任。我建议父母应尊重事实，遵守法律法规，不要擅自注销女儿的户口。如有进一步需要，您可以继续咨询我。