若纪委对函询答复存疑，通常会采取进一步核查措施，具体处理方式需结合核查结果及案件性质综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 补充核查程序

• 要求补充说明：纪委可能要求被函询人针对答复中的模糊点、矛盾点或关键事实提供书面补充说明，并附相关证据材料（如合同、转账记录、会议纪要等）。
• 调取客观证据：通过银行流水、通信记录、监控视频等第三方证据验证答复真实性。例如，若函询涉及经济问题，纪委可能直接向银行调取账户交易明细。
• 询问相关人员：对与被函询人存在工作关联、利益往来的其他人员进行谈话，交叉印证答复内容。

2. 初步核实与分类处理

• 问题轻微或查无实据：若核查后认为答复属实或问题不构成违纪，纪委可能终止调查，但会将相关材料归档备查。
• 存在违纪嫌疑：若发现答复与证据矛盾，或存在隐瞒、虚假陈述情形，纪委将启动初步核实程序，根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》第二十五条，可能采取谈话、查询、调取证据等措施。
• 涉嫌严重违纪违法：若初步核实发现严重问题（如贪污、受贿），纪委将按程序立案审查，并可能采取留置措施。

3. 纪律处分与后果

• 对函询对象的影响：若函询对象故意隐瞒事实或提供虚假答复，根据《中国共产党纪律处分条例》第五十六条，可能构成“对抗组织审查”，给予警告至开除党籍处分。
• 对单位的影响：若函询问题涉及单位管理漏洞，纪委可能向发函单位提出纪律检查建议，要求整改并追究相关责任人责任。

4. 特殊情形处理

• 拒不配合调查：若被函询人拒绝签署《函询通知书》或拒不答复，纪委可依据《中国共产党纪律检查机关控告申诉工作条例》认定为“不配合组织调查”，加重处理。
• 证据灭失或伪造：若被函询人故意销毁、伪造证据，可能触犯《刑法》第三百零七条（帮助毁灭、伪造证据罪），移送司法机关处理。

建议：若您或所在单位收到纪委函询，应高度重视答复内容的真实性、完整性，避免因答复不当引发更严重的纪律后果。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供法律分析。