药店违规的最严重后果包括：被责令关闭，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处以高额罚款，以及可能的刑事责任追究。具体分析如下：

一. 行政处罚

1. 责令关闭与没收：根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十五条，未取得药品经营许可证生产、销售药品的，将被责令关闭，并没收违法生产、销售的药品和违法所得。
2. 高额罚款：同样依据该法条，药店将面临违法生产、销售的药品货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；若货值金额不足十万元，则按十万元计算。这意味着违规药店可能面临极高的经济处罚。

二. 刑事责任

1. 生产、销售假药：根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十六条，生产、销售假药的，除行政处罚外，情节严重的还可能被吊销药品生产许可证、药品经营许可证，甚至十年内不受理其相应申请。对于境外企业，还可能面临十年内禁止其药品进口的处罚。此外，根据该法及刑法相关规定，生产、销售假药还可能构成犯罪，需承担刑事责任。
2. 其他严重情节：根据《中华人民共和国药品管理法》的其他条款，如生产、销售劣药且情节严重，或者违反多项规定且情节恶劣，也可能面临刑事责任追究。

三. 其他后果

1. 信誉损失：药店违规被查处后，其信誉将受到严重损害，可能影响其未来的经营和客户信任。
2. 行业禁入：对于严重违规的药店及其负责人，还可能被行业主管部门列入黑名单，禁止其再次从事药品经营活动。

综上所述，药店违规的最严重后果非常严重，不仅面临高额的行政处罚和可能的刑事责任追究，还可能遭受信誉损失和行业禁入等长期影响。我建议药店应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保合规经营。如有进一步需要，您可以继续咨询我。