在医疗纠纷已经进入诉讼程序的情况下，关于医保是否结算的问题，这主要取决于医疗费用的性质以及相关法律法规的规定。

首先，我们需要明确的是，医保基金主要用于支付参保人在看病、买药、住院等医疗活动中的费用，但其支付范围是有明确限制的。根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围，其中就包括“应由第三人负担的”医疗费用。这意味着，如果医疗费用是由于第三人的侵权行为（如医疗过错）导致的，那么这部分费用原则上不应由医保基金支付。

在医疗纠纷进入诉讼程序后，如果法院最终认定医疗机构存在过错，并判决其承担赔偿责任，那么赔偿义务人（即医疗机构）仍需要承担包括医疗费在内的各项损失赔偿责任，即使这部分医疗费已经由医保基金支付。这是因为，社会保险制度是对受害人的一种基本社会保障，它并没有分散侵权人侵权责任的功能。医保的报销旨在帮助受害者减轻经济压力，而非代替侵权人进行赔偿。

进一步来说，如果被侵权人（即患者）因案件诉讼获得了全部医疗费的赔偿，那么应当积极联系医保部门退还医保所报销的费用。否则，相关社会保险机构将有权向被侵权人追偿。这是因为，社会医疗保险事关公共利益，侵权人和被侵权人均不能从中获取额外的利益。

以您提供的案例为例，崔某在住院治疗期间虽然从社保机构获得了部分医疗费用的报销，但这并不妨碍其基于人身损害赔偿关系向医疗机构主张赔偿。最终，法院也判决了医疗机构需要承担相应的赔偿责任，这进一步印证了上述观点。

综上所述，在医疗纠纷已经进入诉讼程序的情况下，医保是否结算并不是决定赔偿义务人是否需要承担赔偿责任的关键因素。赔偿义务人仍需要根据法院的判决承担相应的赔偿责任，而被侵权人在获得赔偿后也需要按照规定退还医保所报销的费用（如果适用的话）。