关于无证行医查处中非法所得的认定，核心结论如下：

1. 非法所得的认定依据
   根据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条及《医疗机构管理条例》第四十三条，无证行医的非法所得通常指通过非法行医活动获取的全部收入，包括但不限于诊疗费、药品费、检查费等直接经济收益。若行为人同时存在销售药品、医疗器械等行为，相关收入也可能被纳入非法所得范围。

2. 认定流程与标准

   • 证据收集：执法部门需通过患者缴费记录、药品采购单据、证人证言等证据，证明行为人实际收取的费用。
     
   • 扣除成本争议：实践中，部分案件会扣除药品、耗材等直接成本后认定非法所得（如（2020）沪01行终XXX号案例），但法律未明确规定必须扣除，需结合具体证据和地方执法标准。
     
   • 数额计算：若行为人未建立完整财务记录，执法部门可能根据患者陈述、市场价格等推算非法所得（如按单次诊疗平均费用×就诊人数计算）。

3. 法律后果与赔偿关联

   • 行政处罚：非法所得不足1万元的，按1万元计算；超过1万元的，处非法所得3-10倍罚款（《基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条）。
     
   • 刑事责任：若非法行医造成患者人身损害，可能构成《刑法》第三百三十六条的“非法行医罪”，非法所得数额可能作为量刑情节之一。
     
   • 民事赔偿：在医疗损害赔偿纠纷中，非法所得可能作为认定行为人过错程度的参考，但赔偿金额需根据患者实际损失（如医疗费、误工费、残疾赔偿金等）单独计算。

4. 实务建议

   • 行为人角度：若面临查处，应主动配合提供财务记录，避免因证据缺失被推定更高非法所得。
     
   • 患者角度：若因无证行医受损，需保留缴费凭证、病历等证据，以便在赔偿诉讼中主张实际损失。
     
   • 争议解决：对非法所得认定有异议的，可通过行政复议或行政诉讼主张权利，重点审查证据充分性及计算合理性。

示例：若某无证行医者3个月内收取诊疗费2万元，药品成本5000元，执法部门可能认定非法所得为2万元（全额）或1.5万元（扣除成本），具体取决于地方执法口径。若患者因治疗受损，法院可能单独判决行为人赔偿医疗费、护理费等共计10万元，与非法所得罚款并行不悖。

如有具体案件或证据材料，可进一步向我咨询分析。