公司注册资金由股东出资。以下是对此结论的详细分析：
一. 公司注册资金的出资主体
- 股东出资：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。这表明，公司的注册资金是由股东出资构成的，而不是由法人出资。
- 法人财产独立性：同样根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。这强调了公司法人财产的独立性，即公司的财产与股东的财产是分离的。法人并不直接出资形成公司的注册资金，而是由股东出资后，这些资金成为公司的法人财产。
二. 相关法条进一步阐释
- 《中华人民共和国民法典》第五十七条和第六十条也强调了法人的独立民事权利能力和民事行为能力，以及法人以其全部财产独立承担民事责任的事实。这些条款虽然未直接涉及注册资金出资的问题，但进一步支持了公司法人财产独立性的原则，从而间接说明了注册资金由股东出资的观点。
综上所述，公司注册资金是由股东出资形成的，而不是由法人出资。这些出资构成了公司的法人财产，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。