有限责任公司（自然人独资）的主体性质应填写为“有限责任公司（自然人独资）”或“一人有限责任公司（自然人独资）”。以下是具体说明：

1. 法律定义与主体性质
   根据《公司法》第五十七条，一人有限责任公司是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。当股东为自然人时，公司性质即为“自然人独资的一人有限责任公司”。在填写主体性质时，需明确体现两点：

   • 公司类型：有限责任公司（区别于股份有限公司、合伙企业等）；
     
   • 股东结构：自然人独资（区别于法人独资或国有独资）。
     

2. 填写场景与规范

   • 工商登记：在市场监管部门注册或变更登记时，需在“企业类型”或“公司性质”栏中填写完整名称，例如“有限责任公司（自然人独资）”。
     
   • 合同/文件签署：在对外签订合同或出具法律文件时，可在公司名称后括号注明性质，如“XX公司（自然人独资）”，以明确责任主体。
     
   • 税务/银行开户：税务登记或银行账户开立时，通常需提供公司章程或营业执照复印件，其中已载明性质，无需重复填写，但需确保文件内容一致。
     

3. 注意事项

   • 避免混淆：不可简化为“个人独资企业”，后者适用《个人独资企业法》，与有限责任公司（自然人独资）在责任承担、税收政策等方面有本质区别。
     
   • 责任限制：根据《公司法》第六十三条，若自然人股东不能证明公司财产独立于个人财产，需对公司债务承担连带责任。因此，在文件中明确性质有助于界定责任边界。
     

若在填写过程中遇到具体场景（如平台注册、政府申报等）的特殊要求，可进一步说明细节，我将为你提供针对性指导。