您好，针对您提出的“在门诊买的益生菌未经工商注册是否合法”的问题，我将从法律法规的角度为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，益生菌作为一种可能涉及健康的产品，其生产和销售通常需要遵循相关的法律法规。在我国，对于食品、保健食品等产品的生产和销售，有严格的注册和备案制度。
关于工商注册： 工商注册是企业在市场监管部门进行登记注册的过程，它证明了企业的合法存在和经营资格。对于益生菌这类产品，如果其被归类为保健食品或特殊医学用途配方食品等，那么其生产企业或销售单位通常需要具备相应的生产或销售资质，并可能需要进行产品注册或备案。
关于未经注册的合法性：
如果益生菌被归类为保健食品或特殊医学用途配方食品：根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，生产经营未按规定注册的保健食品、特殊医学用途配方食品等，是违法的。这意味着，如果门诊销售的益生菌未经注册，那么这种销售行为可能是不合法的。
如果益生菌被归类为普通食品：虽然普通食品的生产和销售可能不需要像保健食品那样严格的注册制度，但仍然需要遵守食品安全相关的法律法规，如确保产品符合食品安全标准、不进行虚假宣传等。然而，即便如此，未经相关注册或备案的益生菌产品，在市场上的合法性也可能受到质疑，特别是当其宣称具有特定健康功效时。
建议：
消费者角度：在购买益生菌产品时，建议您选择有正规注册和备案、信誉良好的品牌和销售渠道。同时，注意查看产品的标签和说明书，了解产品的成分、功效和使用方法。
门诊角度：如果门诊销售未经注册的益生菌产品，可能面临法律风险和监管处罚。因此，门诊应确保所销售的产品符合相关法律法规的要求，避免销售未经注册或备案的产品。
综上所述，门诊销售的益生菌如果未经工商注册（特别是当其被归类为保健食品或特殊医学用途配方食品时），这种销售行为可能是不合法的。为了保障自身权益和健康安全，建议您在购买时仔细甄别产品的合法性和质量。