如果被摩托车追尾后第二天才发现，您可以按照以下步骤来处理：
一、收集证据
首先，您需要尽快收集与事故相关的证据。这包括：
车辆受损情况：仔细查看车辆受损的部位，用手机或相机拍照留存，记录受损的程度、位置等细节。这些照片将作为后续处理事故的重要依据。
回忆事故情况：尽量回忆追尾时的时间、地点、对方车辆的特征（如颜色、型号、车牌号等）以及可能目睹事故的路人情况。
二、寻找目击证人
如果有路人目睹了追尾过程，您应尽量获取他们的联系方式。目击证人的证言对于证明事故的发生以及责任划分可能起到关键作用。
三、联系对方车主
尝试直接联系：通过查看自己车辆上的对方车辆痕迹（如刮痕、油漆等）或其他线索，尝试联系到追尾的车主。告知其事故情况，并要求其配合处理后续事宜。
通过交通管理部门协助：如果无法直接联系到对方车主，您可以向当地的交通管理部门报案，并提供事故的相关信息，请求他们协助查找对方车主的信息。
四、向保险公司报案
及时向自己的保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关证据和信息。这包括事故现场的照片、目击证人的联系方式、对方车主的信息（如果已获取）等。配合保险公司进行理赔处理，包括定损、维修等环节。
五、注意事项
保持冷静：在处理事故的过程中，保持冷静和理性，不要与对方车主发生争执或冲突。
遵循法律程序：按照法律程序和保险公司的要求来处理事故，不要私自解决或隐瞒事故情况。
及时咨询：如果您对处理事故的流程或责任划分有疑问，可以及时咨询专业的法律人士或保险代理人。
希望以上建议能够帮助您妥善处理被摩托车追尾后第二天才发现的情况。如果还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。