当查封的商铺查封期到了之后，其法律后果及后续处理流程主要取决于法院是否采取了进一步的执行措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、查封期限到期的法律后果
自动解封： 根据现行法律规定，查封不动产（如商铺）的期限不得超过三年。查封期限届满后，如果法院未办理继续查封手续，查封的效力将自动消灭，即商铺将自动解封。这意味着商铺的所有权人可以自由处置该商铺，包括进行交易、过户等。
财产失控风险： 如果查封期限到期后，法院未及时对查封财产进行处置或续查封，该财产将处于失控状态。这可能导致财产被非法转移、隐匿或变卖，从而影响刑事裁判涉财产部分的执行效果。
二、法院的责任与续查封措施
续查封的责任主体： 法院是续查封的责任主体。在查封期限届满前，法院应根据案件情况，依职权或依申请决定是否进行续查封。续查封需要重新制作查封裁定书和协助执行通知书，并明确续封的期限。
续查封的法律规定： 根据相关法律规定，人民法院对土地使用权、房屋的查封期限不得超过二年（但此处需注意，对于不动产的查封，通常规定为不得超过三年，具体以最新司法解释为准），期限届满可以续封一次，续封的期限一般不得超过一年。确有特殊情况需要再续封的，应当经过所属高级人民法院批准，且每次再续封的期限不得超过一年。
财产刑执行中的续查封： 在财产刑执行中，如果被执行人未按规定期限履行刑事判决涉财产部分的义务，法院应依职权及时采取查封、扣押、冻结等措施，并在查封期限届满前决定是否进行续查封。这是为了确保刑事裁判涉财产部分能够得到有效执行。
三、实际案例与启示
以您提供的案例为例，被执行人李某因贪污罪、受贿罪被判处有期徒刑并处罚金，但未按规定期限履行刑事判决涉财产部分的义务。法院查封了其名下的房产，查封期限三年。然而，在查封期限到期后，法院未依法进行处置或续查封，导致该房产处于失控状态。这违反了有关法律规定，并可能造成刑事裁判涉财产部分无法得到执行。
四、建议与措施
及时续查封： 法院应在查封期限届满前及时决定是否进行续查封，并办理相关手续，以确保查封财产的持续有效控制。
加强执行监督： 检察机关应充分发挥检察监督的重要作用，针对不依法履职、渎职行为行使检察权，追究当事人的失职、渎职行为。
完善执行机制： 法院应完善执行机制，加强执行人员培训，提高执行效率和质量，确保刑事裁判涉财产部分能够得到有效执行。
综上所述，当查封的商铺查封期到了之后，如果法院未采取进一步的执行措施（如续查封），商铺将自动解封并可能处于失控状态。因此，法院应依职权及时采取续查封等措施，以确保刑事裁判涉财产部分的有效执行。