结论前置：针对您还对方钱但对方说借条丢了的情况，您可以通过以下措施来保障自己的权益，且一般无需进行公证，但可通过其他方式固定证据。
一、确保还款证据充分且有效
要求对方出具收条：
- 让对方书写一份详细的收条，内容需包含还款人及收款人的姓名、身份证号，借款及还款的具体金额（大小写兼备）、时间，以及“因原借条遗失，此收条作为已收到还款的凭证，双方就该笔借款的债权债务关系已结清”等明确表述。收条应由收款人签字并按手印，以确保其法律效力。这是最直接且有力的证据，能够明确证明您已经履行了还款义务。
保留转账记录：
- 如果您是通过银行转账或网上支付等可追溯的方式还款的，务必在转账备注中注明是偿还哪笔借款，并妥善保存这些转账记录。这些记录将作为您已还款的重要证据，能够在必要时证明您的还款事实。
保存聊天记录：
- 保留与对方关于借条遗失和还款事宜的所有沟通记录，如微信、短信等。这些聊天记录中的确认信息也能辅助证明您的还款事实，尤其是在对方口头承认借条遗失且您已还款的情况下。
进行现场录音录像：
- 在还款现场，您可以使用手机等设备录音录像，记录下整个还款过程及关键对话内容。这不仅能提供视听证据，还能增强其他证据的说服力。例如，您可以记录下对方承认借条遗失且确认收到还款的对话。
二、及时沟通与协商
- 与对方坦诚沟通，说明借条遗失的情况，并询问对方是否能接受其他证明材料或签署协议来确认款项已结清。若对方同意，应确保协议内容明确并由双方签字确认，以便日后有据可查。这一步骤有助于避免后续的纠纷，并确保双方对还款事实有一致的认知。
三、法律途径解决争议（如必要）
- 若双方无法协商一致，或对方坚持认为款项未结清，您可考虑通过法律途径解决问题。在此情况下，向法院提起诉讼并要求法院确认款项已结清是一个有效的选择。在诉讼过程中，您需要提供上述所有收集到的证据来证明自己的还款事实。法院将根据您提供的证据和法律规定作出公正判决。
四、关于公证的说明
- 一般无需公证：在您已经采取了上述充分且有效的证据固定措施的情况下，一般无需对还款事实进行公证。因为公证主要是对某些法律行为或文书的真实性、合法性进行证明，而您已经通过收条、转账记录、聊天记录等多种方式固定了还款证据。
- 特殊情况考虑：如果您认为公证能够进一步增强证据的可信度，或者对方强烈要求进行公证，您也可以考虑与对方一起前往公证处进行公证。但请注意，公证并非解决此类纠纷的必经程序，且可能产生一定的费用和时间成本。
总结与建议：面对借条丢失但款项已归还的情况，关键在于保留好充分的还款证据，并通过多种手段增强证据链的完整性和可信度。在对方不配合时，应冷静应对，必要时寻求法律途径保护自身权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。