工程质量保证金与保修保证金的主要区别在于它们的资金来源、法律性质以及用途。

一. 资金来源

1. 质量保证金：质量保证金是在建设工程施工合同订立之前，由施工方预先付给建设单位的，用于保证施工质量的资金。它来源于施工单位，实际上是一种变相的垫资施工行为。
2. 保修保证金：保修保证金则是双方在合同中约定，在工程竣工时从应付的工程款中预留的，用于保证工程维修的资金。它来源于建设单位的工程款。

二. 法律性质

1. 质量保证金：质量保证金缺乏明确的法律依据，其存在可能违反建设部、国家计委、财政部关于严禁带资承包工程和垫资施工的规定，因此可能被视为无效行为。
2. 保修保证金：保修保证金在合同中的约定是符合法律规定的，属于有效行为。它受《民法典》等法律的保护，确保工程在保修期内得到必要的维修。

三. 用途

1. 质量保证金：质量保证金主要是为保证工程质量而设立，若工程质量未达标，则可从保证金中扣除相应款项用于弥补损失。然而，由于其行为可能违法，施工单位在工程施工过程中随时可以要求返还质量保证金及法定孳息。
2. 保修保证金：保修保证金则侧重于保障工程在保修期内的维修等事宜。若工程在保修期内出现质量问题，保修保证金可用于支付维修费用。待保修期届满且无质量问题后，保修保证金应予以退还。

综上所述，工程质量保证金与保修保证金在资金来源、法律性质以及用途上存在显著差异。在实际操作中，应明确区分二者，并依法合规地使用和管理这些资金。我建议在签订合同时，应仔细审查相关条款，确保资金的使用和管理符合法律法规的要求，避免不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。