当罪犯在监狱中被查出怀孕时，根据我国相关法律法规，会采取一系列既严谨又人性化的处理措施，以确保孕妇及胎儿的权益得到充分保护。以下是详细的处理流程和相关法律依据：
一、刑罚执行的特别规定：暂予监外执行
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百六十五条，对于被判处有期徒刑或拘役的怀孕妇女，若符合条件，可以暂予监外执行。
实施流程：
- 监狱管理部门在发现罪犯怀孕后，会立即启动相关程序，包括医疗确认怀孕事实、评估孕妇及胎儿的健康状况。
- 随后，监狱会向交付执行的人民法院提出暂予监外执行的申请，并附上相关医疗证明和评估报告。
- 人民法院在审查申请后，会作出是否准予暂予监外执行的决定。
执行与监督：
- 若决定准予暂予监外执行，罪犯将由居住地社区矫正机构负责执行，并对其进行监督管理。
- 在监外执行期间，罪犯需遵守相关规定，如定期向执行机关报告自己的活动情况、按时提交病情复查情况等。
二、保障合法权益与特殊照顾
合法权益保障：
- 在整个刑罚执行过程中，应充分保障怀孕罪犯的合法权益，包括人身安全、健康权及公正审判权（若案件仍在审理中）。
- 特别关注其身体状况和特殊需求，避免任何可能对其身体或胎儿造成伤害的行为。
特别关注与照顾：
- 监狱或社区矫正机构应为怀孕罪犯提供适当的医疗服务和营养支持，确保其及胎儿的健康。
- 关注其心理健康状况，必要时提供心理咨询或治疗服务，以缓解其可能因怀孕和服刑而产生的心理压力。
三、法律程序的继续进行与刑罚变更
法律程序继续：
- 尽管罪犯因怀孕而暂予监外执行，但相关的法律程序（如案件审理、判决执行等）不会因此中止。
- 案件将继续按照法定程序进行调查、审理，并根据事实和证据作出法律判决。
刑罚变更与后续处理：
- 若罪犯被判定有罪，且原判刑罚为有期徒刑或拘役，法院在考虑刑罚时会充分考虑其怀孕情况，并可能依法给予从轻或减轻处罚。
- 待罪犯分娩或流产后，若刑期未满，相关部门会根据具体情况决定是否收监执行剩余刑期。若剩余刑期较短，也可能继续监外执行至刑期届满。
四、特殊情况下的死刑适用排除
- 根据《中华人民共和国刑法》第四十九条，审判时怀孕的妇女不适用死刑。这一规定同样适用于在服刑期间发现怀孕的罪犯，即若其原判刑罚为死刑，在发现怀孕后，死刑将不会被执行。
综上所述，当罪犯在监狱中被查出怀孕时，我国法律体系通过暂予监外执行、特别照顾以及刑罚执行的灵活调整等措施，既保障了孕妇及胎儿的合法权益，又确保了刑事诉讼程序和刑罚执行的顺利进行。这些处理措施充分体现了我国法律对妇女和胎儿权益的保护以及人道主义精神。