当您与公司之间的案件已经撤回时，处理方式主要取决于撤回的性质以及相关法律法规的规定。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、撤回案件后的基本处理原则
程序终止：
- 当案件被撤回，且这一行为是当事人自主并合法进行的，当前的诉讼程序将会终止。这意味着，法院将不再继续对该案件进行审理。
诉讼费用结算：
- 诉讼费用会按照相关规定进行结算和退还。通常情况下，这部分费用会是部分退还，具体退还比例和方式需依据当地法院或相关法律法规的规定。
法院审查与裁定：
- 法院在收到撤回申请后，会进行仔细的审查。如果确认撤回行为合法且符合相关规定，法院将予以准许，并作出相应的裁定。
二、撤回案件后的具体处理步骤
确认撤回合法性：
- 确保您的撤回行为是自主且合法的，没有违反任何法律法规或法院的规定。
等待法院裁定：
- 提交撤回申请后，耐心等待法院的审查结果。如果法院认为撤回行为合法，将会作出准许撤回的裁定。
处理诉讼材料：
- 已开展的诉讼程序部分将被视为已完结，相关证据等材料将会被存档。这意味着，这些材料将不再用于后续的诉讼进程。
关注诉讼费用退还：
- 根据法院的裁定，关注诉讼费用的退还情况。确保按照规定的时间和方式领取退还的费用。
三、撤回案件后的注意事项
重新起诉的条件：
- 如果您因证据不足等特定情况撤回案件，并希望后续重新起诉，需满足法律规定的条件和期限。这通常包括提供新的证据、在规定的时效内重新提起诉讼等。
与对方沟通：
- 在撤回案件后，如果可能的话，与对方进行沟通，了解对方对撤回的看法和态度。这有助于为未来的合作或争议解决打下良好的基础。
咨询专业律师：
- 如果您对撤回案件后的处理有任何疑问或担忧，建议咨询专业律师。律师可以为您提供具体的法律建议和指导，帮助您更好地应对后续可能出现的法律问题。
四、实例说明
以小朱与小李的合同纠纷为例，小朱在诉讼过程中决定自主撤回起诉。法院收到撤回申请后，进行了仔细的审查，并确认小朱的撤回行为合法且小李对此并无异议。最终，法院作出了准许撤回起诉的裁定，小朱的诉讼程序因此终止。同时，小朱也期待诉讼费用能尽快按规定退还，并关注后续重新起诉的条件和期限。
综上所述，当您与公司之间的案件已经撤回时，应确保撤回行为的合法性，等待法院的裁定，处理诉讼材料，并关注诉讼费用的退还情况。同时，也需注意重新起诉的条件和与对方的沟通，如有需要可咨询专业律师。