三年后竞争性磋商串通是否还会被处罚，需分情况讨论，主要取决于是否构成行政违法或刑事犯罪，以及是否超过追责期限。以下从行政处罚和刑事追责两个维度进行详细分析：

一、行政处罚维度：是否超过追责期限是关键

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追责期限延长至五年。因此，三年后发现竞争性磋商串通是否处罚，需结合项目性质判断：

1. 一般项目：若串通行为未涉及公民生命健康安全或金融安全，且未造成危害后果，超过二年追责期限后，行政机关不再处罚。
2. 特殊项目：若串通行为涉及防洪堤坝、储备粮、抗疫药品等公民生命健康安全项目，或金融监管系统等金融安全项目，且造成危害后果，追责期限为五年。三年后发现仍可能被处罚。

例外情形：若供应商存在连续串通行为（如近两年内多次串通），追责期限从最后一次串通行为终了之日起计算，此时三年后发现仍可能被处罚。

二、刑事追责维度：是否构成犯罪及追诉期限是核心

根据《中华人民共和国刑法》第二百二十三条，串通投标罪的法定最高刑为三年有期徒刑。根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年不再追诉。因此：

1. 若构成犯罪：三年后发现串通行为，若未超过五年追诉期限，仍可追究刑事责任。
2. 追诉期限计算：从犯罪之日起计算；若存在连续犯罪状态，从最后一次犯罪终了之日起计算。例如，供应商三年内多次串通，追诉期限从最后一次串通之日起算。

单位犯罪：若单位构成串通投标罪，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定处罚（自由刑+罚金）。

三、处罚措施：行政与刑事并罚

1. 行政处罚：根据《中华人民共和国政府采购法》第七十七条，串通供应商可能被处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动，并处没收违法所得；情节严重的，吊销营业执照。
2. 刑事处罚：构成犯罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

四、法律建议：及时自查与合规经营

1. 自查义务：供应商应定期自查中标项目，避免因隐蔽串通行为被追责。若发现近两年内存在串通行为，应立即停止并主动向监管部门报告。
2. 合规经营：在竞争性磋商中，严格遵守公平竞争原则，禁止协商报价、约定中标人等行为。建议建立内部合规制度，防范法律风险。
3. 咨询专业律师：若涉及复杂项目或已收到监管部门调查通知，应及时咨询专业律师，制定应对策略。

总结：三年后发现竞争性磋商串通是否处罚，需结合项目性质、追责期限及是否构成犯罪综合判断。建议供应商始终秉持合规经营理念，避免因短期利益触犯法律红线。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询。