核心结论：若车辆是被盗后被交警扣留且罚款已处理，需立即报警并配合调查；若车辆因涉嫌违法被扣且罚款已缴但存在其他法律问题，需根据具体情形配合处理。以下是具体分析：

1. 若车辆属于被盗车辆

• 立即报警：若您的车辆是被盗后被交警扣留（例如因无牌、事故等原因被暂扣），您应第一时间向公安机关报案，说明车辆被盗情况，并提供购车发票、行驶证、车辆识别代码（VIN码）等证明材料。
• 配合调查：警方会核实车辆权属，若确认您为合法车主，且车辆系被盗后被他人使用导致违法（如无证驾驶、套牌等），您无需承担他人违法行为的责任。交警部门在确认车辆来源合法后，会依法返还车辆。
• 追责盗窃者：若盗窃者被抓获，您可要求其赔偿车辆损失（如维修费用、折旧损失等），具体需通过民事诉讼或刑事附带民事诉讼主张。

2. 若车辆因涉嫌违法被扣，罚款已处理但存在其他问题

• 核实扣车原因：交警扣车可能涉及多种情形（如事故调查、证据保全、涉嫌拼装/报废车等）。若罚款已处理，但车辆仍未返还，需向交警部门了解具体扣车依据（如《道路交通安全法》第72条、第92条等）。
• 申请行政复议或诉讼：若认为扣车行为违法（如超期扣留、无合法依据），可依法申请行政复议（60日内）或提起行政诉讼（6个月内），要求撤销扣车决定并返还车辆。
• 处理潜在法律风险：若车辆因涉嫌其他犯罪（如走私、诈骗）被扣，需配合调查，必要时委托律师介入，避免自身被牵连。

3. 特殊情形：车辆被用于犯罪工具

• 若车辆被他人用于犯罪（如运输毒品、盗窃赃物），公安机关可能依法没收车辆。此时，您需证明对犯罪行为不知情（如未出借车辆、未参与犯罪），并通过法律程序主张权利。
• 证据保留：保存车辆购买记录、维修记录、GPS轨迹等，证明您对车辆被用于犯罪无过错。

温馨提示：法律程序具有时效性，建议尽快行动。若对具体流程或证据收集有疑问，可直接向我提问，我会结合您的实际情况提供详细指导。